入冬后，秋季栽培的平菇采收期并未结束，但往往受自然气候的制约，出菇量和生长速度与气温适宜期相比均有所下降。特别是遇到冬旱年份，低温加上低湿，如果管理不当，将导致出现僵菇,原基形成后再难继续分化和畸形菇等现象，所以冬季平菇应采取以下管理措施。
一、选好菌种菌种的质量好坏直接影响到平菇的品质好坏和产量的高低。菇农不要图一时便宜，从小商小贩手中购买劣质菌种，这种菌种往往是出一茬菇后就不再出菇了，极大地影响了产量。
二、选好原料现在生产平菇的原料多是棉籽壳，好的棉籽壳应该是棉绒长、中壳到大壳，棉皮中营养物质多。
三、科学用水当气温低于5℃、相对湿度低于70%时，菌丝体的代谢功能会明显减弱，子实体的生长速度也会显著下降。此时培养料的基质含水量应控制在60%以内为宜，床面喷水量也应相应减少，重点应以提高空气的相对湿度为主，使菇棚或菇房的相对湿度达到85%～90%。湿度小时菇体生长速度较慢，不但会延长其生长周期，而且也会降低其产量。此外，菇体干燥时其品质也会很差。每天当气温较高时才可向空间、地面、墙壁等处喷水，以提高菇棚或菇房内的湿度。
四、发菌消杀发菌期要搞好杀菌消毒、尤其是种植平菇多年的老棚一定要杀菌消毒。在制备二级菌种时一定要灭好菌，高温蒸料的温度达到100℃后，要使开锅时间保证在12个小时以上。在料中加入杀菌剂和平菇转潮王。即拌料前，在水中加入克霉灵、菌宝或多菌灵等杀菌剂防止杂菌污染，克霉灵以每1000斤料中加入500克为宜。混入平菇转潮王，目的是使平菇发菌快、转潮快，约七天左右就能转潮。大小菌袋要放置在屋后阴凉处通风的地方，利于通风。
五、双膜覆盖在室外进行小拱棚栽培的，如遇到低温寒潮、大风降温天气，覆盖双层薄膜的菇床增温保温效果好。有条件的可在小拱棚上搭盖塑料大棚，没有条件的可在小拱棚膜上加盖厚草苫，再在草苫上覆盖一层薄膜。实践证明，用双层薄膜覆盖的菇床，其温度比单层膜覆盖的要高出3℃～5℃，可明显加快菇体生长速度，提高平菇产量。
六、补充养分采收了第一茬菇后，培养料的养分、水分会明显下降，再生长的菇体多出现盖薄、柄细、单生、丛小、色浅、菇体龟裂等现象，这与料内养分和水分严重不足以及菌丝体分解养分能力下降有着直接关系。在冬季气温低时，可结合补充水分向培养料内增补3%的黄豆浆液、10%的淘米水、0.5%的尿素液，以调节培养料的碳氮比，增强菌丝的活性，达到提高产量和质量的目的。
七、合理通风在寒冷的冬季，菌丝体和子实体并未停止生长，仍然进行着代谢作用，因此，千万不可忽视菇棚或菇房的通风换气工作。每天应结合喷水或采菇时进行通风换气，把菇棚或菇房内的二氧化碳含量降到最低限度，确保菇棚内空气新鲜，每天在气温较高时通风1~2小时。
八、料面覆盖北方地区冬季气温多在零下几度甚至十几度，这些地区的冬季管理应在秋菇结束之后，使培养料处于较为干燥的状态，再结合打杆松动料面，排出培养料中的废气，并适当补充养分和调整培养料的pH值，然后在料面薄膜上覆盖10～15厘米厚的土层或20厘米厚的干净草层，以利保温，严防料面结冰而冻伤菌丝。室内栽培的应保持室温5℃左右，待开春温度回升后揭开覆盖物再进行正常管理。
九、严防高温现在菇农基本上采用墙式出菇法，一般垒5～8层高。头潮菇出菇时，出菇多，出菇密，出菇时料温过高，菌丝体放出的热量散发不出去，最终把菌袋中间的菌丝烧坏，致使抗逆性降低，很容易发生生理烧菌。个别菇农的办法是在菌袋垒了三层高后，中间放两根竹竿，然后再垒上3～5层。这样做，增加了菌袋之间的透气性，通风好，菇体不得病且产量高。
