选择优良菌种：生产中要选择纯度高、菌龄适当、生命力旺盛、无杂菌污染的菌种。
配制适宜的培养料：由于大多数食用菌喜欢偏酸性环境，所以将培养料的PH值适当调低，可抑制杂菌繁殖。在麦麸、米糠等含有淀粉和可溶性糖的培养基之中，杂菌很容易生存。
改进接种方法：用生料栽培食用菌时，增加5%~10%的接种量，并将菌种的2/3接种于覆盖料面和四周，有利于菌丝尽快占领培养基表层，提高抗杂菌能力。
创造适宜的环境条件：食用菌栽培过程中，可根据大多数菌种（除草菇）都要求较低温度，而杂菌多数喜高温的特性，采用适当的降温培养方法。
