菌丝体生长期管理的任务是创造一个适合香菇菌丝生长的环境，在预定时间内让菌丝长满袋，并顺利转色。培养室一定要保持清洁、卫生、干燥，并经常进行消毒。
(1)菌袋堆放 堆放方式以气温和发菌情况而定。春季接种，因早期气温比发菌适温低，为提高堆温，菌袋可呈J顷码式排放，堆高1～1.5米，排与排之间要留人行通道，也利于空气流通。当气温高时，可改为“井”字堆或“△”形堆，每堆 4～6层。
(2)培养室内条件控制
①温度。温度是菌丝生长的关键因子。在24～26℃的适温下，香菇菌丝生长快，健壮。要特别注意检查菌温，使袋内菌温不超过28℃。调节温度可采取调整堆的高低、疏密、堆的方式和通风等方法，要经常检查，灵活掌握，特别是5月份以后，要严防因袋内升温而引起的“烧堆”。
②室内要保持干燥。培养室内空气相对湿度要控制在 70％以下，空气湿度大易引起杂菌滋生，污染菌袋。如遇连阴雨天，空气湿度增大时，要用生石灰除湿，并适当疏散养菌。
③通风。培养室要保持空气新鲜。足够的氧气利于菌丝生长。为此，要经常打开门窗通风换气，通风要和保温相结合。
④光线。香菇菌丝生长期间，不需要光线，要尽量用窗帘遮挡门窗。特别注意不能让直射阳光照射菌袋。
(3)及时翻堆、查杂与刺孔增氧
①翻堆。一般接种后7天内不宜翻动，因这段正是香菇菌丝萌发、定殖期。接种一周后，接种穴四周看到白色菌丝圈后进行第一次翻堆。同时检查菌种定殖和是否有污染，并及时处理。
翻堆是整个菌丝生长期很重要的一项管理措施。第一次翻堆后，要每隔7～10天进行一次。
当接种穴菌丝已连接时，由于袋内菌丝繁殖升温，要把堆的形式改变为“井”字形或“△”形，每层4或3个袋，叠放 6～8层，堆间的距离要适当放宽，以利通风和散热降温。
②合理刺孔增氧。菌丝在袋内培养料中生长，要消耗氧气。当前端菌丝开始变淡或菌袋内出现瘤状物时，表明袋内已经缺氧，要及时刺孔。刺孔在整个发菌期需要进行3～4次。第一次是接种15天左右，当菌丝圈直径长到8～10厘米时，每个接种孔刺4～6个小孔，刺孔部位在离菌丝圈内2厘米处，向内斜刺，孔深1厘米左右。第二次是待菌丝圈完全相连后进行，每个接种孔刺8～10个孔。第三次当全袋菌丝均发白时刺，在菌丝发透的部位均匀刺20～40个孔，孔深1.5厘米”，这是菌袋越夏前最后1次刺孔，非常关键。海拔300米以下地区6月20日前结束，300～600米的地区6月30日前结束，否则应放弃第三次刺孔，以免造成烂袋。第四次在上架前一周 (即当地20℃终日气温)左右，结合天气情况全面刺孔一次，约刺80～100个孔，孔深1.5厘米。
刺孔应注意几点：
一，刺孔后2～3天，因菌丝呼吸作用加强，释放出大量热能，袋内温度高出室温2～3℃。因此，当室温达28℃时应停止刺孔，防止烧菌。
二，含水量高的菌袋可多刺，含水量低的要少刺。
三，塑料袋拱起部位、瘤状物突起部位、污染部位、菌丝来发到部位、有黄水部位、菌丝刚相连部位均不刺孔。
四，刺孔要分批进行，每次刺400～500袋，每间隔3～4天刺1次孔。第二次刺孔后，刺孔部位应侧放。
五，刺孔后注意通风降温，降低菌袋堆叠层次，摆稀菌袋。
