幼菇(菌盖直径在2.5厘米以下的菇)生长后期要注意控温促壮，因此要蹲菇5～7天，蹲菇的目的是防止幼菇生长过快，造成菌盖组织疏松，此阶段菌盖生长缓慢，个体增大速度降低，让营养积累，使菌肉致密、坚实。蹲菇像庄稼蹲苗一样，是为了防止徒长。因此，蹲菇十分重要，是培育优质花菇的物质基础。此阶段管理主要是控温，使温度在5～ 12℃，空气湿度也适当低些(80％～85％)，适当的光照和充足的氧气。蹲菇达到以手指摸菇盖感到顶手，似花生米硬为度。达到这样菌肉致密的幼菇，组织坚实，菌盖表皮裂纹后能培育出优质花菇。蹲菇阶段菇棚薄膜白天是否掀去，要依天气和菇的生长情况而定。无风的晴天和需要通风换气时可揭去薄膜，让太阳光直射幼菇，揭膜时间的长短应以温、湿、气、光四个因素综合协调考虑，不能顾此失彼，要四大因素兼顾。
