金针菇在生长生育过程中，也易受病虫的危害，在发菌期间培养料和菌丝体易受毛霉、木霉、曲霉等杂菌的污染。在出菇期间，如气温突然升高，或较长时间持续在18℃以上，就易受异形葡枝霉、拟青霉、假单胞杆菌的为害。受异形葡枝霉侵染后，菇柄基部初期呈深褐色水渍状斑点，后病斑逐渐扩大变软腐烂，其上可见灰白色棉絮状气生菌丝。如果气温在 18℃以上，则病部迅速向上扩展，最后可使成批菇体倒伏腐烂，俗称软腐病。当菇体有机械损伤或被害虫咬破的伤口，就易受假单胞杆菌的入侵，病斑多数发生在菌盖边缘，圆形或椭圆形，褐色，外围色较深；菌柄上的病斑菱形或椭圆形，褐色，有轮纹可连成一片布满整个菌柄，使菌柄变深褐色，质软不能直立，最后整株死亡腐烂，俗称褐腐病。当菌柄基部受拟青霉侵染后，菌柄基部即变黑褐色腐烂，往往成丛发生，子实体倒伏。
对以上病害的防治要从综合防治人手，合理安排栽培季节，适当推迟接种时期，使出菇期能避开18℃以上的高温。搞好菇房及周围环境经常性的清洁卫生，减少污染源也非常重要。此外，在管理中要避免菇体受机械伤害或被害虫咬破伤口，减少病菌入侵的途径。
据孟祥元等(1993)，报道，金菇针在制种期间易受印度谷蛾的为害，幼虫初期取食菌种表层的菌丝，继而向菌种内部移动，出现浅黄色隧道，5天后进入暴食期，菌种瓶内出现大小不一空洞，并吐丝结网，排出带臭味的红色粪便，为害严重的菌丝被食光。在防治上，菌种培养室要远离粮食仓库，门窗加装纱窗，防止成虫飞入。成虫盛发期，培养室每5天喷1次敌敌畏乳油1 000倍液。幼虫初期为害，可用注射器向为害处注入1 000倍敌敌畏乳油，以杀灭幼虫。
