1、菌袋在发菌过程中大部分发生污染，严重时全军覆没。直接原因是灭菌不彻底：(1)拌料时培养料没有吸透水，料内有生心，尤其是木屑、玉米芯等质地较硬的培养料易发生这种情况。(2)在灭菌过程中没有排尽冷空气，灭菌锅(罐)中始终被冷空气占据一隅，导致没有良好的热循环。(3)灭菌时间不足，或在灭菌过程中出现停火断气，或灭菌锅(罐)内菌袋摆放过多过紧。
2、发菌阶段菌丝生长特别缓慢，导致发菌期延长。主要原因：(1)菌种活力弱。(2)菌袋装料过紧或含水量过高(大于65%)，抑制了菌丝的生长速度。(3)发菌温度过低(小于20摄氏度)，且通风不良，或者培养料的酸碱度(pH值7左右)不适宜。
3、发菌阶段，菌丝尚未发满便出菇。这种现象一般在冬季生产时容易发生。
4、在灭菌过程中，菌袋相互挤压变形，致使栽培料和菌袋之间产生空隙，使菌袋侧面的菌丝拧结形成原基，发育成子实体，这种菇全部为畸形。发生这种情况，应及时对菇蕾进行捏压，使其停止生长。
5、菌盖长瘤，这种现象主要发生在冬季，原因是低温。有机杏鲍菇生长发育的极限温度是10摄氏度，冬季夜间气温长期低于10摄氏度，造成菌盖内外层细胞伸长失调，形成瘤状突起。
