利用菌类配方治病，在我国已有两千多年的历史，成为祖国医药宝库中相当重要的一部分。茯苓、猪苓、灵芝、雷丸、马勃等，便是历代医家常用的药物，曾经有人作过调查，几乎80％的中药处方都用了茯苓。而且菌类药物无公害，天然绿色。
羊肚菌：著名食用菌。含有多种氨基本能，如3-amino-L-proline等。味美、营养丰富。入药甘寒元素养、益肠胃、化痰理气。人工栽培难度大，深层发酵培养比较容易。
中国块菌： 食用，四川会东彝、汉族群众历来就有采食的习惯，药用可治肠胃不适和营养不良。
金耳： 食用，子实体含甘露糖、葡萄糖和抗肿瘤多糖。菌肉细嫩、胶粘、西藏东南部民众喜作补品。除食用外，并治肺热。气喘和老年慢性支气管炎。
银耳： 中国著名的食用菌之一。长期食用，有滋补强壮作用。除含多种氨基酸、酸性异多糖及有机磷、铁等万分之外，还含有其他生理活性物质。药用、性味甘平、无毒，能滋阴、泣肺、养胃、生津。主治虚劳咳嗽、痰中带血虚热口渴。银耳多糖对小白鼠肉瘤180有抑制作用。银耳糖浆有增强世噬细胞吞噬能力的作用，对60CO、γ射线车辐照后造成的操作有较好的保护作用。可显著提高放疗患者白细胞的增殖能力，有增加白细胞的作用。
黑木耳： 食用或药用。子实体性平、味甘、补血、润肺、活血。有滋补、强壮、通便之功效。子实体热水担取物为酸性异葡聚糖，对小白鼠肉瘤180的抑制率为42.5%-70%，对艾氏腹水癌的抑制率为80%。为化纤、棉、麻、毛纺织工人的保健食品。
鸡油菌： 味鲜美，有杏香，为名贵食用菌。属外生菌根菌，还不能人工栽培，有深层发酵产品。子实体的乙醇撮物，对小白鼠肉瘤180有抑制作用。鸡油菌不但和树木有关，而且和土壤有关。目前已知胶粘色串孢Rhodotorula glutinis Harr.可以刺激鸡油菌孢子的萌发。
猴头菌： 我国著名食用菌之一。子实体含多肽及多糖等活性物质，有提高人体免疫力的作用，对胃溃疡、慢性胃炎、慢性萎缩性胃炎、胃癌、食道；癌都有一定疗效。子实体水煎后可治消化不良（猴头菌煎齐，黄酒为引）。猴头菌炖鸡，可治神经衰弱、身体虚弱等。
侧耳： 味道鲜美，营养丰富，有一定的食疗价值。含8种人体必需的氨基酸，多种维生素（C、B1B2、PP）和磷、钾、铁、钼、钴、锌、铜等元素。子实体含多糖，有抗种瘤效果，子实体热水提取物对小白鼠肉瘤180的抑制率为75%，对艾氏腹水癌的抑制率60%。可治腰腿疼痛、手足麻木、筋络不适。是我国人工栽培的主要种类之一，有许多优良的地方品种。
松口磨： 是一种珍贵的野生食用菌。味鲜美，有独特的松脂香味。含蛋白质、脂肪、多种氨基酸（其中含人体必需氨基酸8种）。还含有丰富的维生素（B1、B2C及PP）、松蕈醇香味物质。具有强身、益肠胃、止痛、理气化痰之功效。子实体热水担取物对小白鼠肉瘤180的抑制率为91.8%，对艾氏腹水癌的抑制率 为70%。现代医学研究表明，松口蘑有治疗糖尿病和搞癌的效果。
鸡枞： 食用。菌肉细嫩，气味香浓，味道鲜美，是著名的野生食用菌之一。药用有益胃、清神、治痔的功效。尚不能人工栽培。菌丝可以深层发酵，产品可制种种商品和保健食品。
美味牛肝菌： 著名的食用菌之一。药用，有益健康。为山西"舒筋丸"的万分之一。子实体热水撮物对小白鼠肉瘤180的抑制率为100%，对小白鼠艾氏腹水癌的抑制率为90%。尚不能人工栽培。
多汁乳菇： 味道较好，产量多，可收集加工，子实体提取物对小白鼠肉瘤180抑制率为80%，对艾氏腹水癌的抑制率为90%。
