有机食用菌菌种有效储藏可保持其优良种性，延长优良品种使用的年限，因此，它与新品种的选育具有同等的重要性，是食用菌生产中的一项必不可少的重要环节。但正规、严格的储藏方法需要一些设备，对操作技术也有很高要求，而对广大的菇农来说，一些简单的土办法更可行，更有推广价值。其有效储藏方法有：
井底低温储藏
将要储藏的试管母种用无菌橡皮塞蘸石蜡封口，装入密闭的广口瓶或塑料袋中扎紧，沉入井底储藏，可储藏2～5个月。
石蜡封口储藏
把蜡纸裁成6～8厘米见方，放入75%酒精中浸泡l分钟。将已培养好的试管种的管口在酒精灯火焰上方旋转灭菌后，用镊子取出蜡纸，扎紧管口。再将包好蜡纸的管口浸入熔化的石蜡中，将蜡纸完全浸入，使蜡纸紧紧包封在管壁上，绝对不漏气。待石蜡冷却凝固后，置冰箱或室温下保存。
玻璃纸封口储藏
用明胶15克(黏合剂)，硫酸铜2克，美蓝指示剂1～2滴，溶于100毫升热水中，配制成封口剂。将长满的母种拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口剂，贴上用95%酒精浸泡过的玻璃纸，用石蜡熔封。在室温下，菌种至少可保存8个月，并能防止霉菌或螨虫的浸染。在斜面注入无菌矿油(液体石蜡)，可大大延长储藏时间。
厩肥储藏
此法适合储藏有机食用菌双孢菇等草腐菌类。将腐熟牛粪等堆肥晒干、打碎，取300克干堆肥，用5毫米孔径筛过筛，加1000毫升水调湿，装入试管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕压力下灭菌2小时。确认无菌后接种，菌丝长满后，放在3℃冰箱内储藏，每隔2年移植一次。在长期储藏中，如培养基失水，应将储藏菌种及时接种在琼脂斜面上进行活化，再继续保存。此法连续储藏4年后，其生产性状未出现明显变化。
