生产有机金针菇在装袋的过程中，用预先准备好的17×35厘米的塑料袋筒，先用线绳把筒的一头扎好，然后筒内装料18-20厘米，再用线绳扎好筒口，成为两头封闭的料袋。灭菌后进行接种，接种时，分别解开料袋两头扎口，接入菌种，再用线绳把袋口扎好，接种量为5%。接种后的料袋按“井”字形堆积排放床架或地面上进行发菌培养。菌丝长满全袋后，见有少量菇蕾即可适时转入出菇管理。
在棚室内设出菇架，将出菇袋袋口向外，分层横放堆积4-5层，撑开塑料筒的袋口，让其两面有机金针菇出菇。出菇期间，温度应保持在10℃左右，空气相对湿度为80%-90%，有适度的通风和光照。
