秋季气候比较干燥，降温保湿及防治病菌是秋有机蘑菇出菇期种植的措施之一。
湿不充分：麦秸、稻草应充分浸泡，以利发酵。浸泡不充分的麦秸、稻草翻堆时需大量补水，在两次翻堆之前不能补足水分的不但以后很难补足水分，而且还会影响菌丝的生长。
翻堆不匀：翻堆时应按“生料放中间，熟料放两边;中间的放两头，两头的放中间”的原则。但很多人翻堆时不遵循上述原则，以致培养料发酵不匀，达不到翻堆的目的。
采土不合要求：有些栽培户覆土时采用未经消毒处理的菜园土，有的则添加未充分腐熟的牛粪。这样的营养土中带有大量病菌和虫卵，容易引发多种病虫害，给生产带来损失。
覆土时添加尿素新的栽培户容易习惯性地把蘑菇栽培和其他作物种植等同起来，覆土时添加尿素，造成氨味过重，导致菌丝死亡。
喷施 “关门水” 在蘑菇栽培前期高温时喷施“关门水”会造成高湿环境，引起冒菌丝及幼菇死亡等现象，后期喷施“关门水”则容易使菌丝退化、早衰。
