鲜藏。新鲜的有机平菇在室温下贮藏的时间受温度和空气湿度的影响较大。室温在3～5℃、空气相对湿度在80%左右时，鲜菇可贮藏一周。菇量不多时，可将有机平菇放在装有少量冷水的缸内将缸口封严，气温即使达到15～16℃也可贮藏一周左右。还可将有机平菇完全浸于冷水中，但水必须干净卫生，水的含铁量应低于每升2mg，这样有机平菇才不会变黑。
冷藏。冷藏是指在接近0℃或稍高几度的温度下贮藏的一种保鲜方式，但冷藏的温度并非越低越好。冷藏可以在冷藏室、冷藏箱中进行，冷藏过程中要经常检查箱内的空气温度，贮藏时间应控制在7天之内。
冷冻保鲜。将新鲜的有机平菇实体在沸水中或蒸汽中处理4～8分钟，放在1%的柠檬酸溶液中迅速冷却，沥干水分后用塑料袋分装好放入冷库中贮藏。量少时可放入冰箱中贮藏，能保鲜3～5天。
气调贮藏。采摘后的鲜菇仍在进行呼吸作用，吸收氧气，放出二氧化碳。适当降低环境中氧气的浓度、增加二氧化碳的浓度可以抑制鲜菇的呼吸作用，延长保鲜期，有机平菇在低温下可耐25%的二氧化碳浓度。在气调室内，有一个降氧和升二氧化碳的过程，降氧期越短越好，这样贮藏的菇体可尽快脱离高氧环境，获得最佳的气调效果。
