贮存前干燥。有机食用菌的干燥主要是去除细胞间的游离水。为了便于贮藏，一般要求干品的水分控制在10-13％。
一般采用自然干燥或人工干燥的方法，其干燥过程是物料中水分汽化的过程，即水分子吸收能量从液态变为汽态。人工干燥主要是对流干燥，所需热量是通过空气或加热干气流的连续或间歇接触而获得，同时依靠这些气流带走物体中蒸发出来的水分，达到物料干燥的目的。应该注意的是有机食用菌干燥过度后，干品的含水量过低则硬脆，容易被挤压破碎，影响外观质量。
包装。有机食用菌干品的商品包装是贮藏养护的基本条件，它要求包装材料干燥，封口严密，耐压，防潮，隔湿，使干品能避免受外界环境的影响。一般采用食品塑料薄膜袋抽气密封（或防潮纸）包装，外用木箱或多层瓦纸箱包装，箱外接缝处用胶带纸封严。对价值昂贵的有机食用菌干品可采用马口铁箱，内衬防潮纸，封口用焊或胶密封的方法，可保持较长时间，但包装价格高。
贮存。科学堆码：在贮存中应轻搬轻放，切忌乱摔、乱堆码，以2-2.5米高为宜。垛顶距天花板不少于80厘米，垛堆距墙壁30厘米。并留有空隙和走道，垛底可垫木桩通风防潮。
库房管理：在商品入库前或出完贮存品后，要对库房或设备、器具进行消毒。坚决杜绝已经发生霉腐或含水量过高有霉腐危险性的商品入库。
三防：有机食用菌干品的贮藏必须做到三防，即防潮、防霉、防虫。由于干品极易吸湿返潮，应严格控制相对湿度在50-70％范围内，箱内可放小袋包装生石灰或干燥剂吸潮。干品受潮后会变软，然后发热，引起霉变，发生虫蛀，导致严重变质。有机食用菌干品加工时，原料要挑选好，剔除腐烂变质的鲜菌，及时采收及时加工，以保证质量。
