有机食用菌生产废料菌糠是指用棉籽壳、玉米芯、甘蔗渣以及多种农作物秸秆、野草、酒糟、醋糟、糖渣、造纸厂或味精厂废液、制药厂黄浆液为主要原料，配以少量麦麸、添加剂后栽培食用菌后的废弃培养基。
菌糠的营养特性：菌糠原料中的CP、NFE含量低，CF含量高，营养价值低；菌糠经过食用菌菌丝体分泌的酶作用营养成分发生变化，CP含量达10%左右；NFE含量达20-40%；Ca和P含量升高，分别是1.9-4.6%和0.25-0.8%；木质素和CF含量降低。
用作饲料：菌糠经适当加工处理所制成的内含一些食用菌菌丝体、经食用菌分解的纤维素、半纤维素、木质素及食用菌酶解作用的生物转化过程中所产生的多种糠类、有机酸类、酶类和生物活性物质的复合物，所含营养成分丰富。广泛应用于家禽、家兔、养猪、养牛、养羊、水产养殖业领域（中国饲料原料信息网）。
制作沼气；菌糠生产的沼气即可作为燃气还可用于储粮、水果保鲜等；沼渣用于育秧；沼液用于浸种亦可作为猪饲料添加剂。
制作肥料：菌糠肥施入土壤后，可改善土壤理化性质，增加土壤有机质含量，促进农作物抗腐能力和增产。且可减少化肥的过量使用引起许多负效应。菌糠中提取可利用的物质从：提取食用菌多糖、寡糖、多肽、纤维素酶、歧化酶等好原料。
再种食用菌：作为食用菌栽培的部分替代料，栽培秀珍菇、金福菇和鲍鱼菇。
作活性炭：一般多用木屑作栽培料的食用菌产生的菌糠来制作活性炭，是因为这样的菌糠纤维素和木质素含量丰富。
