有机菌种出菇期间发生侵染性病害主要症状：幼蕾死亡、幼菇发黄、死菇、菇体变褐等。
播种后菌种不萌发或吃料困难主要原因：菌种退化、老化;菌种未经脱毒处理、自身携带病毒或病菌;基料灭菌不及时或不彻底，导致酸败;接种时温度过高等。处理：更换适龄、健壮的脱毒菌种;因基料或接种原因时，重新装袋生产。
发菌期间污染严重主要原因：灭菌不彻底，接种操作不规范，菌种自身携带杂菌，培养场所杂菌基数过高，预防措施不到位等。处理：前三个原因导致污染率高，装袋;培养场所按技术规程用药处理，菌袋进入后，每5天左右喷洒一遍药物予以预防，一般可使用赛百 09和百病傻交替喷洒;发现污染袋后移出进行单独药物处理，方法是使用消霉王或百病傻浸洗菌柱，并单独发菌，以免杂菌孢子对其它菌袋形成二次污染。
处理：属于菌种问题时，更换菌种即可解决;加强通风管理，尤其为了节约用电而不及时通风的作为是很不划算的，应根据生产的不同阶段，实施科学的通风;同时强化病虫害预防工作，发现病害后，应及时将菌袋移出，清理掉病菇，并顺手清理料面，根据病害程度，使用赛百09溶液涂刷或喷洒料面，杀死病菌。
出菇期间发生畸形菇主要表现为只长白疙瘩、不分化子实体;菌柄粗短或细长、菌盖很小甚至没有菌盖等。主要原因：菌种退化或在菌种转接生产过程中感染病毒病菌;原料配比尤不要在蕾期喷大水，也不使袋内积水;使湿度处于相对稳定状态，比如，每次通风后应及时喷水，使在通风时暂时降低的湿度再度升高。
