正确施肥是夺取食用菌高产、改善食用菌品质的重要措施，施肥的作用是补充和调整营养成分，并能消除有害因素，为食用菌的持续高产创造有利的条件。食用菌的施肥可分为培养料施肥及菌床施肥两个方面。
一、培养料的施肥 现在的棉籽壳吃水量很低，营养缺乏，如不另外添加营养则很难提高产量，这就是目前很多菇农反映产量大不如前的原因。培养料中的施肥应以有机肥为主，化肥的使用量可相对少一些。有机肥的营养全面，能为食用菌菌丝的生长提供全方位的营养供应，特别在出菇后期，这一点表现尤为突出，化肥的成分是容易被菌丝吸收利用的物质，可与有机肥配合施用。食用菌经常施用的有机肥有畜禽粪、豆饼、棉饼、玉米面、麸皮、米糠等，根据原料的含氮量高低，可加入10%~30%不等。化肥一般有磷酸二氢钾、硫酸镁、尿素、复合肥、食用菌专用肥等，加入量一般为0.1%~0.5%，不能加入太大，否则会导致菌丝生长不良。
二、菌床施肥 菇床施肥的常用成分有食用菌专用微肥、许多植物生长激素如三十烷醇、吲哚乙酸、赤霉素、萘乙酸等、自配营养液如堆肥浸汁、菇根汤、豆浆汁、禽粪汁、葡萄糖碳酸钙液、尿素或硫酸铵液、蛋白胨酵母粉液、草木灰液等。施肥的方式可采用穴灌及沟灌的方式进行，灌肥穴距可为10厘米，沟灌时沟距为30~50厘米，灌入肥液后，加大通风量，隔5~6天可再灌一次。
子实体施肥也是目前最常用的方式之一，其所用的主要营养成分可以无机营养为主，如食用菌专用微肥、尿素溶液、磷酸二氢钾液、腐植酸液等，现在推广施用的很多生物液肥如光大菌王、立信菌王等，施用效果也很明显。
