1、螨类：螨类对食用菌生长危害很大。螨类个体小，繁殖力极强，常潜入料内咬食菌丝体，严重时能把菌丝体吃光，并传染各种霉菌，肉眼看到时，已经造成了不可挽回的损失。
防治方法：培养料进棚前后或发生虫害时，用500倍～1000倍三氯杀螨醇喷洒处理，也可用2%敌敌畏熏蒸。
2、菇蚊： 幼虫白色，头部黑色发亮；成虫黑色，长约2mm，爬行很快。完成一个周期大约35天。幼虫咬食菌丝，危害菇体，并传播螨虫和霉菌。
防治方法：敌敌畏熏蒸；在菇房附近安装黑光灯诱杀成虫。
3、菇蝇：幼虫是一种白色的蛆，头部尖、尾部钝；成虫淡褐色或黑色，触角很短，常在料表面快速爬动。危害同菇蚊。
防治方法：敌敌畏熏蒸；菇房安装纱窗，防止菇蝇进入。菇蚊、菇蝇危害较重时用5%高效氯氰菊脂2500倍液喷雾。
