发菌也称养菌。发菌的过程就是将接种后的菇木按一定的格式堆放在一起，使菌丝迅速定植，并在适宜的温度、湿度条件下向菇木内蔓延生长的过程。发菌时，菇木的堆放方法要因地制宜选用。
一般有以下几种方法：
1、井字形：适于地势平坦、场地湿度高，菇木含水量偏足的条件采用。首先在地面垫上枕木，将接好种的菇木以井字形堆成约1米高的小堆，堆的上面和四周盖上树枝或茅草，防晒、保温、保湿。
2、横堆式：菇场湿度、通风等条件中等，可采用横堆式。堆时先横放枕木，再在枕木上按同一方向堆放，堆高1米左右，上面或阳面覆盖茅草。
3、覆瓦式：适于较干燥的菇场。先在地面上横放一根较粗的枕木，在枕木上斜向纵放4～6根菇木，再在菇木上横放一根枕木，再斜向纵放4～6根菇木，以此类推，阶梯形依次摆放。
除上述3种摆放方法外，还有牌坊式、立木式和三角形摆放方法，各菇场可根据实际情况灵活选用。
