锈斑病是由假单孢菌引起的病害。感病金针菇的菌盖产生有锈色斑点，主要是浸染金针菇菌盖。初期为针头状，后扩大成芝麻粒大小，边缘虽不整齐，但病斑之间可互相联合成不规则的大锈斑。该病的病原菌存在于培养料及漂浮在空气中，在高温高湿、通风不良等条件下锈斑病最易发生。
防治方法：为预防锈斑病的发生，对菇房洒水时不要直接洒向子实体，以防止料面出现积水。洒水后应及时通风，室内的空气相对湿度不要长时间超过95％，菌袋表面覆盖地膜时要待子实体水分晾干后。发病初期，应防止病菌向健康子实体蔓延，并用50％的多菌灵800倍液或每毫升含100～200单位的农用链霉素喷洒。
