一、菌袋污染 造成大部分菌袋污染的直接原因是灭菌不彻底。在适宜的水分、温度条件下，菌袋内没有被杀死的杂菌开始繁殖，开始星星点点地分布在菌袋上，后来扩展成片。导致灭菌不彻底的原因：（一）拌料时培养料没有吸透水，料内有生心，尤其是木屑、玉米心等质地较硬的培养料易发生这种情况。（二）在灭菌过程中没有排尽冷空气，灭菌锅中始终被冷空气占据一部分，导致热循环不良。（三）灭菌时间不足，或在灭菌过程中出现停火，或灭菌锅内菌袋摆放过多过紧，均会出现灭菌不彻底的问题。
二、菌丝生长缓慢 （一）菌种活力弱可造成菌丝生长缓慢。一定要到规模较大、信誉良好的单位购买菌种。菌种适宜菌龄为30～40天，菌丝洁白、浓密、粗壮，表明生命力强。（二）菌袋装料过紧或含水量过高（高于65％），菌袋内由于没有充足的氧气，抑制了菌丝的生长速度。（三）发菌温度过低，如小于20℃，且通风不良或培养料的酸碱度不适宜（适宜的pH值为7左右），也会造成发菌缓慢。
三、菌袋侧面出菇且多畸形 在灭菌过程中，菌袋相互挤压，圆形的菌袋变形，致使栽培料和菌袋之间产生空隙，为菌丝拧结提供空间。再加上低温、光照刺激和机械刺激（如倒袋等），使菌袋侧面的菌丝拧结形成原基，发育成子实体。由于塑料袋的限制，这种菇全部为畸形。发现这种情况，应及时对菇蕾进行捏压，使其停止生长，以免造成更多的营养浪费。
四、子实体个小 出现这种情况的原因是没有进行疏菇蕾。原基分化后，在菌袋两侧长出很多菇蕾，少则几个，多则几十个。但由于营养和空间的限制，这些菇雷大部分不能长成商品菇，所以要进行疏蕾，以免浪费营养。疏蕾的原则是在菇蕾刚形成时，选位置好、菇形正、大小相近的菇蕾，每面留4～6个，子实体长至2厘米时，再进行一次优选，每面留2～4个。这样，便能保证较高的商品率了。
五、菌丝旺长 在出菇时，菌丝突然旺长，菌袋两端、子实体上长满白色菌丝，子实体从菌盖中间开始隘缩，严重时子实体黄化死亡。这主要是由菇棚内温度突然升高所致。在出菇阶段，菌丝、子实体都在生长，在正常情况下，这两种生长达到动态平衡。决定这一平衡的是温度，较高的温度有利于菌丝生长，较低的温度有利于原基的分化。突然升温，打破了原有的平衡，使菌丝生长占了优势。在营养、水分一定的情况下，供给菌丝生长的营养、水分多，供给子实体的营养、水分就少了，严重时子实体营养倒流，在外观上表现出子实体萎缩，甚至黄化死亡。应防止菇棚内突然升温。
