随着食用菌产业的发展，食用菌种植面积迅速扩大，食用菌栽培后产生了大量的菌渣。有些菇农把菌渣随意丢弃在水沟里、路面上，不仅造成资源浪费，环境污染，而且下次种菇时更容易感染病虫害，危害食用菌的正常生长。甚至有些工厂化生产的企业为了使菌渣卖出更好的价格，把菌渣长时间堆起来，不仅污染环境，还会滋生病虫害并很快传播，在食用菌的生长和菌种的培养过程中易感染病虫害，制作出的菌产品质量也会受到影响，危害广泛且严重。因此如不及时处理，不仅造成资源浪费，还会滋生病虫害，并且在下轮栽培中病虫害会卷土重来，威胁产业发展，污染环境。菌渣中蛋白质含量较食用菌栽培原料提高，糖类、有机酸类、酶类和生物活性物质含量丰富，是综合利用的优良基质。因此，菌渣的综合利用不仅可以保护环境，还能大大节约成本，带来一定的经济效益。
菌渣的综合利用主要有以下几个方面：
第一、用作二次种菇的培养料，食用菌菌渣用作再生产配料可以节省成本，提高产量，值得大力推广。但是要合理选择二次栽培菌种，以充分利用培养料中的营养物质；其次要进行严格灭菌，以免造成二次污染。例如有些地方用金针菇或杏鲍菇的菌渣种植草菇，获得良好的效益。
第二、用作生态修复材料。将菌渣还田可改良土壤的理化性质和生物性状，提高土壤肥力，起到培肥土壤的作用。合理的施用菌渣能够逐步消除化肥污染，降低硝酸盐含量，改良土壤、抗板结，对今后发展绿色农业具有较重要的社会意义。
第三、用作有机肥料。菌丝在生产过程中分泌的一些生物活性物质，能够分解复杂的有机物，抑制部分土传性病害，对有害菌繁殖有较好的抑制作用，能够有效地控制和减轻地上病害和土传病害的发生，减轻危害程度，促进植物生长。例如有些地方把菌渣混入土壤中然后种植蔬菜，蔬菜长势良好。
第四、用作养殖场的发酵床垫料。食用菌菌渣用做发酵床垫料，既可降低成本又能促进菌渣的循环利用。
第五、用作园艺作物的栽培基质。将菌渣用于园艺作物的栽培和育苗，不仅可以提高菌渣的综合利用价值，还能提高作物品质及产量。
第六、用作燃料。将食用菌菌渣风干，可直接用作食用菌菌袋灭菌或菇棚升温时的燃料，也可将其压制成煤渣，或用作发酵底物来生产沼气，用作生活燃料。
第七、用于获取生物活性物质。菌渣中含有许多代谢产物，如肌酸、三萜皂苷、植物甾醇等生物活性物质，提高抗病能力，部分能抑制有害菌的生长。
第八、用作畜禽饲料。在饲料中添加菌渣可提高畜禽抗病力，且有调节畜禽代谢机能及促进其生理功能的作用。
菌渣综合利用的方式有很多，目前对菌渣的利用正在向肥料化、基质化、饲养化、能源化、二次种菇等多种模式发展。建立食用菌产业链关键环节接口技术体系和“菌林”、“菌菜”、“菌畜”、“菌沼”等循环农业模式，集成有关技术标准，在生产链条中多级利用，有利于实现生态农业循环经济，增加产业效益。
