培养料处理是食用菌栽培工艺中的重中之重，是栽培成败、产量高低的关键所在。最早人们栽培蘑菇，采用自然发酵处理的培养料，往往由于发酵不彻底，致使有益菌不能得到充分繁殖，而造成杂菌污染严重。后来，在前发酵的基础上，将培养料移入密闭的菇房（棚）内，通入蒸汽，通过人工控制温度，减少了杂菌的污染。但这种方法费工、费时、耗能，成本增加，效益低下。近几年，发酵剂在食用菌培养料中得到应用，在生产中取得了好的效益。应用发酵剂的优点，主要表现在：
（一）料温变化。发酵剂发酵料温迅速上升至60℃以上，如金宝贝发酵剂可在两三天内达到60-70℃。于是，不仅杀死了杂菌，而且也杀死了大部分虫卵。
（二）培养料中微生物的变化。发酵剂发酵，培养料中有益细菌、真菌、放线菌、固氮菌等繁殖快，数量多，尤其是放线菌是二次发酵的100倍以上，大量有益菌“先入为主”，占领阵地，挤占了杂菌生存空间。正因为有益菌群的数量多，菌群活动产生的热量也多，所以料温在短时间内能够迅速上升并长时间保持。同时，有益菌群的代谢物--抗生素也是抵卸杂菌卷土重来的屏障。
（三）培养料中营养成分的变化。培养料在发酵过程中，由于发酵剂中微生物群的作用，分解纤维素的真菌和放线菌大量繁殖，使培养料中纤维素的含量逐渐减少，可溶性糖的含量逐渐增加，碳氮比值更合适，游离态的蛋白质转化为适合食用菌菌丝生长的菌丝蛋白，食用菌菌丝生长更加健壮。如使用金宝贝发酵剂，可使食用菌增产20—30%。
（四）拓宽了原料资源和粪肥加入量。食用菌栽培多以棉壳为主料，而大量的农作物秸秆往往就地焚烧，污染环境，其主要原因是常规发酵秸秆发酵不完全，纤维素不能很好地分解转化，食用菌菌丝不易吸收，致使产量不高。发酵剂的使用，解决了这一难题。 鸡、鸭等禽类粪肥属热性粪肥，营养丰富，常用于所有食用菌栽培的辅料，牛粪是冷性肥料，养分低，常用于双孢菇、巴西蘑菇和草菇的栽培辅料；猪粪、蚕粪属冷性肥料，营养丰富，常用于多种食用菌栽培的辅料。由于常规发酵往往发酵不完全，常导致病虫危害严重或“烧菌”现象发生，同时加入量少。随着麸皮、饼肥价格的上涨，用发酵剂发酵以粪肥替代麸皮、饼肥增加培养料“氮源”是很好的途径，且用发酵剂发酵可适当增加粪肥的加入量。 发酵剂的使用，可对废料进行再利用。熟料或生料栽培失败的料袋或陈旧料、污染料以及栽培过其它菇类未污染的废菌棒，均可加入一定比例的新鲜料，经发酵剂处理后仍可栽培其它菇类。 发酵剂的使用，可将熟料栽培改为发酵料栽培，如金针菇、白灵菇、香菇、杏孢菇，可起到降低成本、减少污染、易操作、提高产量的目的。
