棒式栽培香菇的菌棒经过秋冬二季出菇，含水量减少。为了使香菇增加产量，需要进行补水处理。补水方法有注水法和浸水法两种，现主要介绍注水法补水。
菇畦中的菌棒就地不动，用直径2厘米的塑料管沿着畦向安装，菇畦中间设总水管，总水管上分支出小水管，小水管长度在50厘米左右，上面安装12号针头控制水流。由总水管提供水源，另一端密封。装水容器高于菌棒2米左右，使水流有一落差的压力，在注水时菌棒中心用直径6毫米的铁棒插孔1个，孔深约菌棒高度的3/4，不能插到底以免注水流失，由于流量受到针头的控制，滴下的水菌棒即能吸收又不致于溢出，一般15分钟就能补水完毕。补水后盖上薄膜，控制温度在20℃～22℃之间发菌，每天换气1～2次，每次1小时，注水给菌棒提供了充足的水分，并同时增加了干湿差和温度差，6天后开始出现菇蕾而且菇潮明显，子实体分布均匀，当温度升到23℃以上时原基形成受到抑制，要利用早上低温时喷冷水降温，刺激菌棒形成原基再出一批菇，由于温度的升高再加上菌棒养分也所剩无几，菌丝衰弱，并且无活力，即可结束菌棒栽培。
