利用害虫的习性进行防治：(1)对菌蚊进行人工捕捉。(2)将发生瘿蚊的菌袋放在阳光下曝晒1小时-2小时或撒上石灰粉。 水浸法防治：瓶栽和袋栽的可将水注入瓶、袋内，块栽的可将栽培块浸入水中压上重物，浸泡2小时- 3小时。浸泡后的瓶、袋沥干水后放回原处。
诱杀：(1)对蚊蛾用黑光灯或节能灯诱杀。方法是在灯下的水盆中放入0．1％的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死。(2)对粘虫可在强灯光处放置涂抹了40％聚丙烯的粘虫板。 曲霉的防治：(1)及时清除废料。(2)瓶装料时料不能与棉塞相接。装瓶完毕后洗净瓶口，除去杂物，保持棉塞清洁。(3)施用5毫克／千克的多菌灵，但必须是蘑菇采收完后施用。
绿霉的防治：(1)降低菇房的温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飞扬传播。(2)取生石灰9份、多菌灵 1份、水适量拌匀，洗刷霉菌处。(3)生料栽培时，每100千克干料中添加克霉灵100克，可彻底防止霉菌滋生。(4)在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后，再在其外围喷水。(5)用5％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排掉石灰水，补上新料。(6)在霉菌处涂95％的酒精或煤油，点火将其烧掉，然后挖除，填补新料。
对细菌的防冶：(1)食用菌培养基灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间都要达到要求。(2)培养基做好后，在 30℃的培养箱内放置一天后再用，以确保无细菌感染。(3)培养基内可加入抗生素，一般以每毫升100- 200单位为宜。
