通过加强对食用菌栽培的综合管理，创造适应食用菌生长而不利于病虫杂菌繁殖的环境是生产无公害食用菌的关键。
1、搞好环境卫生：制种和操作人员必须建立起正常的清洁卫生制度，不断清除污物并加以药剂消毒。菇房、用具及室内一切设备，要经常清洗和消毒；进出菇房注意鞋底及衣着整洁，最好能及时更换。
2、消毒方式的选择：优先采用高压蒸气灭菌法、常压间歇灭菌法和巴氏灭菌法及紫外线灯灭菌法等物理手段消毒。化学消毒优先使用碱类、酚类药物。避免使用重金属盐类等消毒剂。
3、处理好原料：食用菌培养料一定要避免受潮霉变或滋生害虫；木屑、草料、马粪等的堆藏，下面要垫塑料薄膜或由毛毡防潮，上面要遮盖好以防雨淋或杂物落入；米糠、麸皮、饼料等易生霉菌，应密闭贮藏；培养料要经高温消毒或发酵腐熟，培养料运进菇房后，要进行后发酵：覆土材料必须经蒸气或福尔马林消毒。
4、调整用水量和酸碱度：培养基的水分要适当。酸碱度要适宜，并随时检测、调整。菇房要经常保持良好通风，空气相对湿度不宜超过95%。
5、妥善保护培养基：出锅的料瓶或灭过菌的培养基应加以保护，防止二次污染；要加盖纱布或薄膜，入箱熏蒸还要用新洁尔灭等药水擦洗，防止污染。
6、严格执行接种操作规程：接种工作技术性很强，一定要耐心细致，切忌碰擦粘带；对一切用具及容器，能洗的要洗干净，能熏蒸的要熏蒸。能擦酒精的要擦酒精，能用酒精灯火焰烧的要用火焰烧；对大量的栽培种可以二人协作接种，把好火焰封锁关，一人持料瓶，一人专接种，不离灯火口，配合准确。
7、采用人工物理方法防治病虫害：如用黑光灯诱杀菇蝇、菇蚊等；培养料充分发酵（60℃，2～4小时）杀死线虫和痪蚊；剔去腐变部位，用石灰水消毒。改善环境，调整温度（如降低温度防治胡桃内状菌）、湿度（如降低湿度防治链孢霉菌）、 PH值（如降低pH值防治白霉菌等）。
8、严禁使用剧毒农药：不使用有机汞制剂或有机磷制剂及残存时间长、又不易分解及有刺激性臭味的农药。优先使用植物杀虫剂，如除虫菊、鱼藤、烟草浸出液及微生物杀虫剂，如苏云金杆菌和白僵菌等。
