预防杂菌发生是食用菌生产的重要环节，具体应做好以下几方面工作：
选择优良菌种
生产中要选择纯度高、菌龄适当、生命力旺盛、无杂菌污染的菌种。除此之外，在食用菌栽培过程中，还要定期进行提纯复壮，以保持菌种原有的优良性状。
配制适宜的培养料
由于大多数食用菌喜欢偏酸性环境，所以将培养料的PH值适当调低，可抑制杂菌繁殖。在麦麸、米糠等含有淀粉和可溶性糖的培养基之中，杂菌很容易生存。但在木屑培养料中，杂菌则会因少缺少可利用的酶系而受到抑制，无法生存。
改进接种方法
用生料栽培食用菌时，增加5%-10%的接种量，并将菌种的2/3接种于覆盖料面和四周，有利于菌丝尽快占领培养基表层，提高抗杂菌能力。段木接种时，适当缩小穴距，并在段木两端断面各接种一穴，既可避免杂菌侵入，又能加速菌丝在段木中的生长。
创造适宜的环境
食用菌栽培过程中，可根据大多数菌种（除草菇）都要求较低温度，而杂菌多数喜高温的特性，采用适当的降温培养方法。从湿度来看，食用菌丝生长阶段要求较低的空气湿度，杂菌则要求高湿环境，故菌丝生长期间应控制空气湿度在60%以下。
