菌种培养室应定期检查和熏蒸，制作菌种时应用棉球塞紧试管，外面包一层牛皮纸，以防害虫侵入。如菌种已发现害虫，必须经过熏蒸或低温冷冻等方法处理，经检查确定害虫死亡后方可使用。
收菇后要认真清洁料面，除掉菇根及烂菇并集中深埋。对发病严重的老栽培室要进行熏蒸消毒（包括种菇用过的架子、工具等）。方法是：以每立方米容积用80毫升福尔马林加入40克高锰酸钾的比例进行熏蒸，装高锰酸钾的容器要深，其容积要比福尔马林的总需要量大40倍以上。熏蒸时要密闭栽培室，两天后打开门窗换气，24小时后再将菌袋送入。也可用硫磺熏蒸，用量为每立方米5克，密闭48小时后通风两天再进料。
收完3~4茬菇后及时清除料块，并远离菇房进行高温堆肥发酵或喷药，避免害虫在废料中繁殖。严禁新老培养块同放一个菇房，以免害虫传播到新菇块中。除培养料要经过熏蒸及二次发酵外，覆土材料也要经过高温或药剂处理。要适当浇水，特别是要避免向菇体直接喷水，浇水过多、菇床和菇房湿度过大会造成菌丝和菇蕾腐烂，易滋生害虫。
