随着食用菌产业的发展和科技进步，现代食用菌产业已形成了多种多样复合高效立体菌业模式，如塑料大棚立体种植模式、林地食用菌套种栽培模式、冬闲田套种模式、菇房层架立体种植模式、防空洞立体栽培模式、多品种周年栽培模式、农作物-食用菌-菌渣有机肥-食用菌循环模式等。
1、温室大棚立体栽培模式温室大棚立体菌业模式是当前我国立体菌业主要发展模式，其特点是：主体结构为日光温室，出菇模式采用墙式或层架式，复种指数高，一般北墙高2.5～3米，南墙高1～1.5米。北墙有的是夯实的土墙，有的是砖墙，墙上打1～2排通风孔。大棚骨架多采用竹木或水泥预制品。一般栽培面积300～500平方米，栽培量1万～3万袋。北方地区冬季气候寒冷，温室内除后墙采用保温措施外，室内还应采取增温措施，以提高棚内温度。河北石家庄、甘肃河西走廊、辽宁阜新等地食用菌采用半地下室日光温室大棚栽培食用菌，取得较好的效果。半地下式菇棚一般为东西走向，棚内净宽7米、长20米，棚底低于地平面0.5～0.6米，四周为土垒墙，东西山墙微拱，中脊墙高2米，南北墙高1.7米，外墙近地面厚0.9米、顶厚0.6米。菇棚南北墙上各设两排风口，底排风口从棚底斜向地面，上排风口距顶0.5米左右，风口间距1米，风口直径0.3米，南北两侧风口对应。上覆塑料薄膜。薄膜用压膜线固定，四周围墙上用土袋压牢。半地下式大棚适宜栽培金针菇、双孢蘑菇、杏鲍菇等。日光温室大棚可以通过调整覆盖物、揭膜通风等手段，可在一定范围内调整棚内温度、光照、通气条件，因此，采用该设施可进行多种食用菌栽培。但由于棚膜和覆盖物保温效果有限，冬季棚内温度低，夜间有时低于5℃；而夏季棚内温度高，尤其是中午可能高于35℃，不适宜于食用菌生长。因此，大棚栽培受季节限制，生产者应根据当地气候特点，做出合理的生产规划。黑龙江东宁等地采用大棚内立体栽培黑木耳方式，大幅度提高了土地利用率，与常规地摆式栽培黑木耳相比， 具有环境控制操作方便，省工、省料、产量高、品质优、栽培难度小、周期短、效益高的特点，100平方米即可栽培1万袋以上，经济效益较普通露天摆放栽培木耳增加产值2倍以上。
2、竹架大棚立体栽培模式我国福建、江苏、浙江等南方各地普遍采用竹架大棚立体菌业模式，如福建漳州栽培毛木耳、福建罗源栽培秀珍菇、四川什邡栽培毛木耳、福建古田栽培茶树菇等。整个大棚采用毛竹建造，棚宽8～10米、长度根据地块大小而定、顶高4～5米、拱边高3.5米，覆盖农膜和遮阳网以及草帘遮阴，也有的加盖彩钢板顶棚。棚顶设通风口，用于高温季节降温。棚内采用层架式摆放或墙式码放，层数多，空间利用率高。以漳州竹架大棚栽培毛木耳为例，棚内一个横排安排两个“出耳墙”，每个横排之间留0.7～1.0米过道， 每排“出耳墙”高1.8～2.2米，排包16～18层。每亩地可排放5万菌包左右，可生产毛木耳（干品）3500公斤以上，实现产值10万元以上。该模式下的设施投入低，经济耐用（一般可用3~5年）；管理较方便，特别是通风管理简单，保温性能较好；遮光性强，高温季节能降温，低温季节能保温。但此类设施一般在毛竹资源丰富的地区搭建，对温、光、水、气调节范围有限，只适宜于季节性食用菌栽培。
3、砖瓦菇房立体栽培模式该模式目前主要栽培双孢蘑菇。菇房通常高5～6米，长12～15米，宽8～9米，菇房内设多层菇床，床架摆列与菇房方向垂直，床架间通道两端墙面自上而下50厘米开设通风窗口，窗大小为0.3米×0.4米。相对于塑料大棚来说，这种菇房保湿保温性能好，菇房栽培面积的利用率高，一般菇房内安装菇床层架10～12层，因此，200平方米的菇房栽培面积可达2000平方米以上。目前，该模式已在福建、山东、河南、浙江、江苏、湖南等省广泛推广。该模式下双孢蘑菇栽培过程中，栽培原料在菇房外进行一次发酵，菇房内进行第二次发酵，然而进行铺料、播种和出菇管理。每亩产量可达到5万公斤，产值30万元以上。
4、保温设施菇房立体栽培模式随着科技的进步，食用菌产业的发展，以及资金投入不断加大，原有的立体菌业模式已不能满足产业发展需要，限制了生产季节性，产品不能满足市场需求。因此，必须提高食用菌生产设备设施条件，按照工厂化生产理念，实现周年化生产和产品周年供应。保温设施菇房立体菌业模式，即菇房采用保温材料建造，并安装温度、湿度、通风设备，食用菌生长环境实现完全人工控制，生产不受季节限制。该模式下菇房保温效果与制冷设备的控温效果尤其重要。为了实现高效运行，菇房内最大限度地进行立体种植， 每平方米栽培面积扩大20倍以上，每亩栽培量达到9万～10万包（瓶）以上。目前，按照该模式主要栽培杏鲍菇、金针菇、真姬菇、白灵菇、双孢蘑菇等。
5、菌粮（菜）间作套种立体菌业模式菌农间作套种立体菌业模式是指食用菌与农作物套种或轮作的栽培模式，有稻菇型、麦菇型、蔗菇型、菜菇型、棉菇型等。福建漳州、浙江等地，采用稻菇轮作模式，利用冬闲稻田小拱棚栽培双孢蘑菇，在双季晚稻收割后，在大田中整地作畦，畦床上栽培双孢蘑菇，双孢蘑菇采收完毕时，正是早稻的插秧季节，不误农时，且稻田轮作蘑菇，经过冬耕冬种，加深了土壤的耕作层，翻耕到田土中的蘑菇废料还可改良土壤生态环境，提高土壤肥力，促进早稻丰收，效益显著。菌菜与食用菌套种是利用蔬菜密集叶片的遮阴作用，能为食用菌生长提供良好的生态环境，既能充分利用土地，又能明显增加经济效益．这种新型的食用菌栽培模式很受农民欢迎。采用这种栽培模式，蔬菜宜选生长期长、叶片密的长蔓型菜类，食用菌可根据菇种不同，采用畦栽培，或室内发菌、菜行间套放的方法。
6、林下栽培立体菌业模式林间套种食用菌，充分利用林间小气候条件，根据林间二氧化碳与光照对树木与食用菌的互补、互促原理，实现食用菌的反季节栽培生产，达到提高食用菌产品质量和促进林木生长的双重效果，从而促进林业与食用菌产业的共同发展。林下食用菌栽培主要有3种形式：一是林间覆土畦栽食用菌：所谓畦栽是指选取林间空地挖成一定长和宽的畦坑，然后播种栽培的方法。适合畦栽的食用菌有平菇、鸡腿菇、姬松茸、双孢蘑菇、灰树菇等。二是林间地表地栽食用菌：将食用菌菌袋直接放在林间出菇的方法，适合地栽的食用菌有香菇、黑木耳、毛木耳等。三是林间立体栽培食用菌，如多层挂袋出菇出耳的栽培方法、林间层架式栽培法。适合于林下立体种植食用菌的林地要求：地势较平坦；树木生长比较均匀整齐，郁闭度较大，遮阴效果较好；树木排列比较规范，便于搭建拱棚。此外，一些地方采用葡萄架下种植的食用菌：平菇、香菇、木耳、鸡腿菇等。
