正确施肥是夺取食用菌高产、改善食用菌品质的重要措施，施肥的作用是补充和调整营养成分，为食用菌的持续高产创造有利的条件。食用菌的施肥可分为培养料施肥及出菇后营养液施肥两方面。
一、培养料施肥现在的棉籽壳吃水量很低，营养缺乏，如不另外添加营养则很难提高产量，这就是目前很多菇农反映产量大不如前的原因。培养料中的施肥应以有机肥为主，化肥的使用量可相对少一些。有机肥的营养全面，能为食用菌菌丝的生长提供全方位的营养供应，特别在出菇后期，这一点表现尤为突出，化肥的成分是容易被菌丝吸收利用的物质，可与有机肥配合施用。食用菌经常施用的有机肥有畜禽粪、豆饼、棉饼、玉米面、麸皮、米糠等，根据原料的含氮量高低，可加入10%～30%不等。化肥一般有磷酸二氢钾、硫酸镁、尿素、复合肥、食用菌专用肥等，加入量一般为0.1%～0.5%，不能加入太大，否则会导致菌丝生长不良。
二、出菇后营养液施肥在食用菌出菇后期，培养料的营养已不能为食用菌菌丝的生长提供全方位的营养供应，菇农往往会采取各种手段添加营养液补充营养。食用菌营养液的添加通常有3种方法：喷施、浸泡和灌穴。喷施营养液的时间以子实体大量出现时为宜。喷施时应注意喷头不要正对着子实体，同时还要注意“四不喷”：
1.幼小菇蕾不喷，以免其“肿死”。
2.刚采过菇或有菇残体处不喷，以免引起细菌性病害。
3.空气湿度过大时不喷。
3.空气湿度过大时不喷。
4.菇棚内病虫害严重时不喷。浸泡法主要用于袋栽的食用菌。在采收完l～2茬菇后，若栽培袋呈严重缺水状态，可将其放在配好的营养液中浸泡，直到其恢复或接近原重量时为止。灌穴法主要在菌床上使用，当菌床出菇较多、水分及养分消耗过大时可采用此法。具体方法是：将菌床按10厘米的穴距打眼，向菌床上漫灌配制好的营养液，添加完营养液后覆土。
三、食用菌施肥应注意的问题第一是针对不同的品种采取不同的施肥方法，方法施用不当，效果会适得其反；第二是在施肥过程中，各种肥料应交替使用，对于某些营养成分较单纯的无机肥料来讲，这一点尤其重要；第三是肥料施用应适当，切勿一次施用过多，或肥液浓度过大，以免对菌丝的生长造成不利影响。常用的营养液浓度为：尿素0.3%～0.5%、磷酸二氢钾0.2%等，一定要把握好“少而勤”的原则；第四是各种肥液应现配现用，不可久放，以免肥液变质。
