一、主要危害症状及其原因
1.畸形菇菇棚内新鲜空气比例不达标，子实体出现畸形，如平菇的“长腿菇”、不开片，香菇的“长柄菇”、“黑面菇”等等。基本原因就是本阶段的阴雨雪雾天气中气温稳定、风流很小甚至没有风流，通风不良导致菇棚内的换气严重不足，二氧化碳等废气积聚。
2.细菌性病害菌盖表面有褐色斑点；越来越多的菇蕾无法分化，多呈萎蔫状，手感表面黏糊糊的；幼菇的菌盖发黄，继之死亡，其菌柄是软的，逐渐倒伏，手感黏糊糊；起初菌盖表面呈现亮色，似乎刚刚喷过水，亮晶晶的，后期发黄变暗死亡；出菇面的基料表面逐渐变暗，亦呈黏糊糊状；菇棚中气味臭不可闻，令人头疼；中上旬采收的料面，几无再现蕾迹象。究其原因，主要就是生料或发酵料本身就带有大量病原菌，遇到温度合适的连续阴雨天气和通风很差的环境就会繁殖发展，形成危害。
3.真菌性病害绿霉呈多发性发生，尤其半地下结构的出菇场所，出菇菌袋几乎在一周左右变为“绿头”；菌盖呈现褐色或黄褐色色块，呈不规则状，继之扩大，至成熟时蔓延至整个菌盖甚至整株子实体；个别地方还发生了块菌等子囊菌病害。发生的原因主要是阴雨连绵的天气，菇棚的温度不低，但通风不好，加之空气湿度偏高的大环境，所以此时不可喷药，否则将会加重潮湿，给病原造成了可乘之机。
4.虫害主要是菇蚊菇蝇类幼虫危害和线虫类危害，其余的还有鼠妇等。
发生的原因主要有二：第一，集中在生料或发酵料播种阶段，随基料进入；第二，发菌和出菇阶段预防工作不到位（这是通病），使成虫进棚，然后进料产卵。
二、应对措施当前危害的应对措施：
1.升温或降温：根据外界气温，采取相应的措施进行升温或降温，目的是使温度较为适合子实体生长，而不利于病原菌发展。该项措施的实施可以根据自身条件进行设置，比如暖风炉升温，升温效果是一方面，如果不需要升温时可以直接单独使用吹风装置，可以达到通风的目的；最佳方案就是安装控温风机，菇棚温度升降自如的同时，不但可以保证控温的绝对效果，而且兼有稀释棚内废气的作用。
2.加强通风：主要措施有安装双向排气扇，或使用大型风机抽排风，目的是使菇棚内的空气流动，最大限度地减少废气浓度。
3.降低湿度：主要措施有放置吸湿物质如生石灰、生熟石灰粉、木炭等。但是，使用石灰类物质时，应同时加强通风；此外，有条件的最好安装排湿设备，调控自如，并能保证效果。
4.防治病害：在上述三项措施的基础上，对发生病害的子实体予以摘除，并顺手破坏料面。对真菌性病害，首先喷施200倍赛百溶液予以杀灭，相隔2天左右再喷施300倍百病傻溶液予以预防病害再度发生；对细菌性病害，喷施喷施300倍赛百溶液予以杀灭，相隔2天左右再喷施400倍百病傻溶液予以预防；菇棚内每隔5～7天喷洒一遍300倍赛百和400倍百病傻溶液予以预防病害，效果理想。注意要点：两种药物交替喷洒，绝对不可混合使用。
5.防治害虫：对菇蚊菇蝇类成虫，喷施1000倍氯氰菊酯溶液即可一次性全部杀灭，对其幼虫，则可用塑膜将菌袋覆盖后，按每吨干料10片磷化铝的用量用药，予以一次性杀灭，不留后患；对成堆成团的红色线虫类害虫，可配兑8%左右的食盐溶液，对准害虫喷洒，次日即可死亡。
注意要点有二：首先，要选用普通食盐，一些低钠盐达不到理想的杀虫效果；其次，尽量使用温水，以便于更快渗入害虫的体内。
次生危害的应对措施：所谓次生危害，是指该阶段持续的阴雨雪雾天气造成第一次危害之后，或者雨过天晴、或者强风吹来驱散雾霾，总之，必然是高寒、干冷的气候条件，菌袋以及幼菇经过了阴雨雪雾的“暖湿”条件之后，突然改变环境，必将随之发生一系列不可逆转的新问题或危害，这就是次生危害；其基本结果是：幼菇无法正常生长，生出大量畸形菇，部分幼菇不适应新的环境而致死亡，菌袋出菇面因很快失水而无法正常现蕾等等。
基本应对措施：
1.尽早备好升温设备或器具，并保障相关物资的供应；比如，使用控温风机的，应检修好电路，并备足燃料等。
2.检查并修整菇棚覆盖物，并予再次检查固定，以防随后的强风造成损失。
3.菇棚中最好修建小水池以备保湿用水的数量及其温度；采用较大的水缸更为方便。
4.检修相关通风设备以及电线等，为预防“暖冬”提前做好准备。
5.备足三维精素（喷施型），对可以喷水的幼菇，根据棚温，每2～5天喷施一遍，以增强子实体对异常环境的抵抗力，并可因此而获得理想的增产、提质，还能增加菇品的厚度和口感。
