在黑木耳栽培过程中，常有杂菌和虫害发生，而造成生产上的损失。特别是在管理粗放和高温高湿下，往往病虫害发生严重，甚至无收。
常见的黑木耳害虫有鱼儿虫、壳子虫、米象、蛞蝓、小马陆、弹尾虫、蓑衣虫；危害黑木耳的常见杂菌有碳困、革耳、云芝、木霉、青霉、裂褶菌、朱红菌等。
防治黑木耳病虫害应采取预防为主，综合防治的方法，从而提高黑木耳本身的抗病虫害能力，减少病虫孽生条件和药剂防治三方面入手。主要措施如下：
（一） 提高黑木耳本身搞病虫能力；
1、选育优质高产，抗逆力强的菌种。
2、创造适宜黑木耳生长的温度、湿度条件和营养条件，使黑木耳本身具有较强的与杂菌竞争的能力。
（二） 减少病虫害生长条件：
1 清理好耳场。耳棚周围及走道应每周一次用多菌灵或菇霉灵液喷雾保持栽培环境清洁卫生，减少杂菌污染的机会。
2 耳房、耳场必须通风良好，排水便利。
3 必需严格搞好耳场内和栽培房及灭菌、接种等各环节的消毒工作。
