食用菌是伴随我国改革开放快速形成的一项新兴产业，由于其营养、美味、保健三大特点所带来的巨大市场需求，刺激了产业规模快速扩张。
据中国食用菌协会统计，2012年产量2800万吨，产值1700亿元，从业人员2000万以上，年消化秸秆皮壳4000万吨。但由于系统科学研究的缺位，不但导致了产业效益持续下降，平均投入产出比已由上世纪80年代的1:3—5降至目前1:1.2—1.8，而且自主知识产权品种的严重缺乏，也使我国很多企业从品种、菌种到添加剂、培养基、环控设备都要从国外进口，目前日产20吨以上的食用菌生产企业几乎无一例外要以产值3%的价格购买国外品种使用权。
据项目首席科学家张金霞说，针对我国食用菌产业面临的单产低、品质差、产业效益不断下降的严峻挑战，今年启动的食用菌产量和品质形成的分子机理及调控项目，依托中国农科院农业资源与农业区划研究所，并与中国科学院微生物研究所、中国科学院昆明植物研究所、中国医学科学院药用植物研究所、吉林农业大学、北京林业大学、华中科技大学和福建农林大学共同协作，紧紧围绕子实体形成的营养利用与遗传调控、抗逆性的温度响应和活性物质的合成代谢调控三个科学问题，以大宗栽培的木腐菌平菇、金针菇和草腐菌草菇、双孢蘑菇为材料，在已有基因组测序的基础上，综合应用功能基因组学、蛋白组学、生物信息学、现代酶学、现代化学等研究手段，拟用5年时间，揭示食用菌产量和质量形成的分子机理，建立科学研究的理论和方法体系以及遗传改良基础平台，提高食用菌产业的原始创新和关键技术创新能力，为食用菌高产优质高效生产技术创新提供科学理论支撑，推动我国食用菌产业实现从经验到科学、从实践到理论的新跨越。
