据山西省食用菌协会报道，灵芝孢子粉是大量收集的灵芝孢子，即灵芝的种子;而灵芝粉是由灵芝子实体直接磨成的细粉。一般情况下，一百斤的灵芝才能收集一斤多的纯灵芝孢子粉。所以灵芝孢子粉的价格要比灵芝粉的价格高得多。因此，总有商家以次充好，用部分甚至全部灵芝细粉来代替灵芝孢子粉以追求高额利润，从而损害消费者的利益。
下面是一些鉴别真假灵芝孢子粉的方法，以供参考：
1 视觉 未破壁的灵芝孢子粉为土黄色粉状物，无成陀、结块现象;而质量好的破壁灵芝孢子粉是棕褐色，因其破壁后孢子释放出孢子油，所以容易粘连成小块，但用手一搓就会轻轻散开。真正的灵芝孢子粉都极其细腻，无杂质，且易粘在容器壁上。特别要注意，目前，有些人经销药厂提炼过孢子油或真菌多糖的灵芝孢子粉，以次充好。其实，提取过药用成分的灵芝孢子粉对人体已无用处。
2 触觉 未破壁的灵芝孢子粉用母指和食指轻轻捻摸，可以感觉到灵芝孢子粉间的摩擦，绝无粘连,并有捏土豆粉面的感觉，即为纯正的未破壁的孢子粉;用手指捻破壁灵芝孢子粉，手感更细腻、更光滑，即为纯正的破壁孢子粉。若捻摸手感粗糙，则往往不是破壁灵芝孢子粉。有些人也用其他菇类的破壁细粉冒充灵芝孢子粉。
3 味觉 未破壁的灵芝孢子粉和破壁孢子粉都味道纯正、无异味，嗅上去有灵芝特有的气味;入口后，不苦或有淡淡的苦味。若掺入了灵芝粉的则苦味很重。
4 溶解鉴别 取适量(约4-5克)未破壁的灵芝孢子粉放入干净的杯中，倒入清水，充分搅拌后，为孢子悬浮液，放置数分钟后，才会慢慢出现沉淀;反之，一到入水中就立马出现沉淀的，则不是纯正的灵芝孢子粉。若入口后牙碜，则表明里面有一定的细土或细沙。
取适量破壁灵芝孢子粉(约4-5克)放入玻璃杯中，冲入少许开水，注意观察水面有无小油滴(油滴就是灵芝孢子油)出现，油珠越多，杯壁挂壁严重，说明是破壁孢子粉且破壁率也高，反之，说明不是破壁粉或破壁率不高。
5 电镜观察 未破壁的灵芝孢子粉是椭圆形的，一端平截，双层壁，外壁无色，内壁有小刺，淡褐色，8~11μm×5~7μm;而破壁灵芝孢子粉在电镜下因其没有细胞壁结构呈联结的不规则结构，灵芝粉则呈针状。此鉴别方法主要用于高校及科研单位。
此外，灵芝孢子粉品种有很多种，不同的地方提供的灵芝孢子粉质量上也有较大差异，与地理环境、气候条件、栽培原料有很大的关系。灵芝孢子粉有代料栽培的和椴木栽培的，一般来讲，段木栽培的灵芝孢子粉质量更好。并且，灵芝孢子粉跟灵芝子实体一样，有等级区分，不管是地膜收集的粉还是套袋收集的粉，以新鲜的、杂质少的的孢子粉质量为好。收集的头茬粉比二茬粉好。
注：未破壁的孢子粉比破壁的孢子粉保藏期长，由于破壁灵芝孢子粉没有孢子壁的保护，容易被氧化和光解，所以破壁孢子粉更应避光、密封保存。
