平菇抗杂菌污染能力虽然很强，但是生产上多采用生料栽培，许多杂菌往往在高温、多湿、偏酸性及通风不良的环境中大量繁殖，泛滥成灾，导致减产或绝收。为害平菇常见的杂菌有青霉、木霉、毛霉、根霉等。必须采取综合防治措施，避免杂菌污染。
1、适时栽培，适时播种低温不利于霉菌生长，所以要选择低温条件下播种。春季播种期可适当提前，秋季适当推迟。从理论上讲，平菇菌丝生长最适温度为25℃，这时灭菌培养基是合适的，但生料栽培时，要避开霉菌适生的温度（25℃—30℃）。实践证明平菇菌丝在气温20℃以下生长也很快，在低温条件下播种更安全。
