适时采收
立秋后采收的秋耳，朵形略小，质量好于伏耳次于春耳。春耳和秋耳要采大留小，伏耳要大小一齐采。无论春耳、伏耳、秋耳都要在雨过天晴、耳片稍干后采收。如天气干旱，采收的头天傍晚要均匀喷水，次日晨露水干后采收，这样的木耳不易破碎。如遇阴雨天气也必须采收，以免造成流耳。采收时通常用小竹刀或小刀沿着子实体的边缘插入耳根，割下耳片并挖出耳根。总的采收要求是：勤采、细采，成熟一朵采收一朵，以免造成流耳而带来损失。
及时制干
采收后的鲜木耳含的水分较多，如不及时制干易腐烂变质。若天气晴朗，光照充足，宜将采收的木耳分层摆好烘干，温度不能超过40℃，若温度过高易烤焦、烤熟或造成自溶腐烂。烘烤时勿多翻动，切忌烟熏，以免影响品质。
认真贮藏
制干的黑木耳，应剔除碎片、杂物等，采用无毒塑料袋口，密封放置在木箱或木桶内，贮藏在干燥通风的室内。
