根霉属（Rhizopus）中危害食用菌最常见的为黑根霉（R.stolonifer）。
危害症状
根霉是菌种生产和栽培过程中常见的一种杂菌。受根霉菌危害后，培养基质表面形成许多圆球状小颗粒体，初为灰白色或黄色，后变成黑色，到后期呈现黑色颗粒状霉层，致使食用菌菌丝无法生长。
形态特征
根霉菌丝白色透明，无横隔，在基质表面能形成匍匐枝，每隔一定距离长出根状的菌丝，称为假根，从基质中吸取营养物质和水分。孢囊梗从假根上生出，丛生不分支，其顶部膨大为孢子囊。孢子囊初为黄白色，后变为黑色，内有许多孢囊孢子，当孢子成熟后孢囊壁破裂而释放出来，孢囊孢子球形或椭圆形。有性繁殖产生接合孢子，接合孢子壁厚、色深，有纹饰，球形。
发生规律
黑根霉适应性强，广泛分布于土壤、粪便、霉烂的谷物和面包等多种基质，空气中也可存在。在温度高于25℃、湿度65%以上、通风不良的环境中极易发生，pH 4.0-6.5范围内生长较快。
防治方法
注意搞好环境卫生，保持培养室周围及栽培地清洁，及时处理废料。接种室、菇房要按规定清洁消毒；制种时操作人员必须保证灭菌彻底，袋装菌种在搬运等过程中要轻拿轻放，严防塑料袋破裂；经常检查，发现菌种受污染应及时剔除，决不播种带病菌种。如在菇床培养料上发生根霉，可及时通风干燥，控制室温在20-22℃，待杂菌抑制后再恢复常规管理。调节pH，适当提高pH，在拌料时加1%-3%的生石灰或喷2%的石灰水可抑制杂菌生长。药剂拌料，用干料重量0.1%的甲基托布津拌料，防治效果更好。
