在香菇生产的过程中，常受到病虫的危害，如果防治不利，会使香菇栽培陷入恶性循环的境地，轻则造成减产，重则栽培失败，所以，必须引起高度重视。
严格把好菌种关
在确定生产用的优良品种以后，菌种是否被杂菌污染则是优质菌种最基本的条件。优质菌种可采用目测和培养的方法来确定。凡菌丝粗壮，打开瓶塞具特有香味，可视为优质菌种。有条件的，还应抽样培养，同时还可检查菌丝生活力。
严格把好菌袋加工关
塑料袋应选择厚薄均匀、无沙眼、弹性强、耐高温、高压的聚丙烯塑料袋，培养料切忌太湿，料水比掌握在1∶1.1～1.2；装料松紧适中，上下表内一致；两端袋口应扎紧，并用火焰熔结，在高温季节制菌袋时，可用1∶800倍多菌灵溶液拌料，防治杂菌。
严格把好灭菌关
常压灭菌应使灶内温度稳定在100℃，并持续8小时；锅内菌袋排放时，中间要留有空隙，使蒸气畅流菌袋受热均匀；要避免因补水或烧火等原因造成中途降温；从拌料到灭菌必须在8小时内完成，从灭菌开始到灶温上升到100℃不可超过5小时，以免料发酵变质。
搞好环境卫生，净化空气
使空气中杂菌孢子的密度降得最低，是减少杂菌污染最积极有效的一种方法。装瓶消毒冷却，接种、培养室等场所，均需做好日常的清洁卫生。暴雨后要进行集中打扫。坚持每天在空中、地面用0.2%肥皂水或3%～4%石碳酸水溶液，5%甲醛，1∶500倍50%的多菌灵水溶液及5%～20%石灰清水等交叉喷雾或喷洒，将废弃物和污染物及时烧毁或浸入药水缸，以防污染环境和空气。
严格无菌操作
接种室应严格消毒；做好接种前菌种预处理；接种过程中菌种瓶用酒精灯火焰封口；接种工具要坚持火焰消毒；菌种尽量保持整块；接种时要避免人员走动和交谈；及时清理接种室的废物，保持室内清洁。
科学安排接种季节
必须根据香菇菌丝生长和子实体发生对温度的要求，科学安排接种季节。过早接种或遇夏秋高温气候，既明显增加污染率，又不利菌丝生长；过迟接种，污染率虽然较低，但秋菇生长期缩短，影响产量。接种以日平均气温稳定在25℃左右时为最好。
夏季气温偏高时，接种时间应安排在午夜至次日清晨。
改善环境因子、控制杂菌生长
杂菌发生快慢和轻重，在很大程度上取决于各种环境因子，特别是香菇栽培块或菌筒上的霉菌发生时应通风换气。温度、湿度等环境因子有利于香菇生长发育时，香菇菌丝生活力旺盛，抗性强，杂菌就不易发生，反之，杂菌便会乘虚而入，迅速发生。因此，在日常管理工作中，尽可能创造适宜于香菇菌生长发育的环境条件也是一项很重要的预防措施。
减少菌丝未愈合时发生霉菌，采取将门窗关好(定量开窗通风几次)，除去覆盖的薄膜，待控制霉菌后再盖上的措施。若个别栽培块发生霉菌，不要急于处理，待菌丝愈合后再作处理，但需增加掀动薄膜的次数，并加强栽培室通风换气和降温减湿。
霉菌发生在栽培块或菌筒表面，尚未入料，一般可以采用pH 8～10的石灰清水洗净其上的霉菌，改变酸碱度，抑制霉菌生长。若霉菌严重，已伸入料内，可把霉菌挖干净，然后补上栽培种。霉菌特别严重的栽培块或菌筒，可拿到室外，用清水把霉菌冲洗干净，晾干2～3天后，再喷洒0.5%过氧乙酸(CH3COOH)可收到显著的防治效果。
加强检查
在气温较高季节，培养室内菌袋排放不宜过高过密，以免因高温菌丝停止生长或烫伤，影响成品率。发菌5～6天后，结合翻堆要逐袋认真检查，发现污染菌袋随即取出。对污染轻的菌袋，可用20%甲醛或5%石碳酸或95%酒精注射于污染部位，再贴上消毒胶布。
对青霉、木霉污染严重的菌袋，添加适量新料后重新灭菌接种；污染链孢霉的菌袋，及时深埋。此外，要防鼠灭鼠，避免老鼠间接污染，对污染废弃的菌袋要集中处理，千万不能到处乱扔，以免造成重复感染。
常见杂菌与防治
1、木霉
木霉又称为绿霉菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中。木霉靠孢子传播，常借助气流、水滴、昆虫、原料、工具及操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基内，一旦条件适宜就萌发繁殖为害。当生产环境不清洁、培养料灭菌不彻底、接种操作不严格，且处于高温高湿条件时，就给木霉侵染造成良机，尤其是多年的菇场和老菇房，常是木霉猖獗危害的场所。
危害香菇生长的所有杂菌中，木霉威胁最大。木霉适应性强，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌丝生长。木霉能生长在生长势减弱的香菇菌丝体上，使香菇组织细胞溶解死亡。
木霉在4～42℃范围内都能生长，孢子萌发喜高湿环境，侵害香菇培养基时，初期为白色棉絮状，后期变为绿色。菌种如果被木霉危害，必须报废，即使轻度感病的菌种也应弃之不惜。
木霉至今没有理想的根治性药物，常用的杀菌药，对木霉只是抑制，而不是杀死，加大药量，只能同时杀死木霉和香菇菌丝。因此，创造适合香菇菌丝生长而不利于木霉繁殖的生态环境，是控制危害的根本措施。
一旦发生木霉为害，要立即通风降湿，以抑制木霉菌的扩展，处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张，常用的药液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1：200倍的50％多菌灵、75％甲基托布津、pH值为10的石灰水，此外，往污染处撒白灰面，防治效果也很好。
2、链孢霉
链孢霉生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色、黄色。大量分生孢子堆集成团时，外观与猴头菌子实体相似，链孢霉主要以分生孢子传播为害，是高温季节发生的最重要杂菌。链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性，一旦大发生，便是灭顶之灾，其后果是菌种、培养袋或培养块成批报废。
防治链孢霉，首先应尽量避免在高温季节生产。在香菇发菌阶段温度最好控制在20℃以下，这样链孢霉生长缓慢，可减少污染。香菇发菌场所潮湿有助于链孢霉的发生，所以控制发菌场所的湿度就可以有效地防止链孢霉发生。链孢霉的药物防治可参照木霉的防治。菌袋生产时，如果发现链孢霉，要在分生孢子团上滴上柴油，可防止链孢霉的扩散。菌袋发菌后期受害，一般不要轻意报废，可将受害菌袋埋入深30－40厘米透气差的土壤中，经10－20天缺氧处理后，可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。
3、毛霉
毛霉又叫黑霉，长毛霉，菌丝初期白色，后灰白色至黑色，说明孢子囊大量成熟。该菌在土壤、粪便、禾草及空气中到处存在。在温度较高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。生长速度明显高于香菇菌丝，毛霉菌丝体每日可延伸3厘米左右。
毛霉在香菇菌丝体培养期间侵染时，蔓延速度快，数日内便能布满基质，而受害的香菇菌丝则生长缓慢，步履艰难，尽管最终仍能伸达基质各处，但香菇菌丝已无正常浓白色，而是呈灰黄色。
发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等等。防治方法同木霉。
虫害问题
袋料栽培中危害香菇的害虫主要为螨类和线虫。菌筒室内培养期间主要是螨的危害，后期主要为线虫。培养室或栽培场发生害虫危害可喷高效低毒农药，1∶1 200～1 500倍的特杀螨，1∶50倍的杀虫乳剂和1∶500倍的马拉松乳剂防治线虫可收到良好效果。
