蘑菇栽培中，常发生菌丝萌发后不吃料、发黄而萎缩的现象，严重影响着蘑菇生产的发展。只有了解其发生的原因，才能更好地防范：
高温烧菌
播种期气温高，培养料过厚，发酵后料温未稳定下降等原因，培养料内温度高于30℃。
解决方法：蘑菇的播种期要避开高温期。播种时料温应稳定在25℃以下。播种后发现菌丝因高温而萎缩，应重新翻堆通风，再调节好培养料的湿度，重新播种。
料内有氨气
建堆时氮肥添加量过多，或氮肥加入过晚（后期翻堆时才加入），菌种播种后，培养料内存在氨气，从而抑制菌丝的萌发。
解决方法：培养料添加尿素等化学肥料时，要在建堆时适量加入。发酵结束后尽量排除废气，如播种后发现料内有氨气，及时打开门窗，并进行翻料，待无氨味后，再重新播种。
培养料过干
播种时培养料偏干，若气候又干燥，菌丝萌发后吃料生长缓慢，细弱无力而萎缩。
解决方法：可采取料面覆盖一层湿稻草（用0.5％石灰水浸湿），能使菌丝重新萌发吃料。播种遇到干燥天气，播后3天关闭门窗。采用层播加封面播种法更好。
料水分过多
培养料含水量过多，覆土后又遇高温，或高温时喷重水，而又没有及时通风。使菌丝因供氧不足、活力下降而萎缩。
解决方法：堆料时注意控制水分，若翻堆时发现料含水量过高，应摊开略加晾晒再行堆制，发酵好的料含水量以60—65％为宜。后期喷重水引起的菌丝萎缩，进行通风后，菌丝可恢复生长。床面覆土层总厚度不要低于4—4.5厘米。
菌种质量差
购种途中菌种受热，降低了菌丝活力；菌种没能及时使用，菌种老化，生长势变弱，播种后再遇不良环境，都会导致菌丝萎缩。
解决方法：选择适宜的培养料培育菌种，菌种应菌丝粗壮、萌发力强；购种时避开高温天；不用老化的菌种播种。
虫害
主要害虫是螨类，前期出现肉眼不易看到，主要危害菌丝，使菌丝断裂而萎缩。在堆肥和覆土中都能带入害虫，会造成严重危害。
解决方法：对螨类要进行综合防治。做好培养料的后发酵，覆土要进行杀虫处理，菌种在播种前1天用敌敌畏熏蒸等。另外，在播种前向料内撒保菇粉能起到有效的防治作用。在栽培中发现螨，及早用药剂防治。
