１．白腐病又叫褐腐病、水泡病等，常发生在子实体上，是一种发生最普遍、危害最严重的真菌病害。其病源是蘑菇的腐病菌，其分生孢子和厚坦孢子都能侵害蘑菇菌丝体和子实体，并使子实体发生畸形。轻度感病时，菌柄肿大成泡状，严重时子实体受阻，长出不规则的白色棉絮状的菌团，不分菌盖、菌柄。随着病情的发展，病菇溃烂后，会流出褐色的水液，发出特殊的腐败气味。
防治方法：①覆土用甲醛消毒。②堆料时必须经过５２℃１２小时以上高温发酵。③采用轮作倒茬。④喷水不宜过多，厢内空气相对湿度不超过９５％。⑤发病时停止喷水，并降温至１７℃以下，病区可用１％～２％的甲醛溶液喷洒消毒。病害严重的，要铲除原覆土，病菇应拔除烧毁。
２．褐斑病多发生在子实体上，是由菌生轮枝霉引起的。侵染蘑菇后，先在菌盖上产生许多针头大小、不规则的褐色斑点，以后逐渐扩大，并发生凹陷，凹陷部位呈灰白色，充满了病菌分生孢子。菇体畸形，菌盖分化不明显，菌柄则过度肿大或弯曲。其感染途径和方法，与白腐病相同。
３．褶霉病主要危害蘑菇的菌褶。该病大多在湿度偏高时发生，严重时菌褶均被白色菌丝覆盖。防治方法是：加强通风，防止湿度过高。病菇要及时清除。
４．猝倒病由尖镰孢霉和菜豆镰孢引起，主要危害菌柄，使菌柄髓部萎缩变褐。病菇早期与健康菇无异，只是菌盖部分色泽较暗，菇体不再长大，逐渐形成“僵菇”。病因是由带病的土壤引起的，所以对土壤的彻底消毒是主要的防治方法。发生该病时可向菌床喷硫铵铜溶液，其硫酸铵、硫酸铜、水的配比为１０∶１∶３００。
５．病毒病该病传染性强，菌丝细胞感染此病后就不能形成子实体，形成大片无菇区。菌蕾感染此病后，子实体大多发育成畸形，或菌柄下部削尖，或菌柄膨大成桶状和坛状，最后导致菌柄萎缩成白海绵状。一旦发生该病，要及时隔离。接触过病菇的手和用具，要用０．１％的新洁尔灭浸泡消毒。
