黑木耳栽培处在高温高湿的季节，杂菌及病虫害较多。杂菌在耳木上生长，消耗养分，占据生长空间，并分泌有害物质抑制黑木耳菌丝生长及子实体形成和发育。害虫大多蛀食耳片和耳根、或耳木，还会传播病虫造成危害。
一、常见杂菌：
1. 环纹炭团菌：是危害壳斗科耳木的主要杂菌。多出现在耳木表面的纵沟中，形似黄豆大小的黑色颗粒，严重时连成片。此菌多在潮湿阴蔽处发生。耳木被害后，抑制黑木耳菌丝生长，甚至其他杂菌也不能生长。
2. 牛皮箍：此菌有黑白两种，紧贴在耳木上生长，形似贴药膏。多在阴雨天发生，引起木质部粉状腐朽，这种耳木便不发生耳芽。
3. 韧皮菌、朱红栓菌、绒毛栓菌：这些菌都能引起耳木腐朽、影响木耳的生长。
4. 青霉、木霉：这些菌能在耳木上生长、消耗养分。在代料栽培木耳是一种主要杂菌，影响木耳生长。
二、常见害虫：危害木耳的主要害虫有伪步行虫、线虫、蚂蚁、蓟马等，这些害虫或咬食耳片，或咬食菌丝，或蛀食耳木，造成危害。此外，还有蛞蝓、尺蠖、小蜘蛛、天牛、吉丁虫等危害耳木的害虫。
三、防治方法：
1. 选用高产抗逆力强菌种。
2. 尽量保护好段木树皮，用石灰水对截口消毒。
3. 保持耳场清洁、经常消毒。
4. 木耳成熟后要及时采收，并做好收耳后清理工作。
5. 发现感染杂菌或虫害的耳木或培养料，要立即搬离现场，减少病原传播。
6. 局部发生病虫害，可采用人工捕捉，部分挖除等方法处理。
7. 做好越冬耳木管理。
8. 栽培过程中做好温度、水分、通气的调控，采取促进木耳生势为主，药物防治为副的管理方针。
