当黑木耳的耳片充分展开，耳色开始转浅或腹口开始产生白色孢子粉时即可采收。采收前要停止喷水24小时，使黑木耳基部稍有收缩，以利采摘。
采耳时间，应选择雨后天晴或晴天早晨。春耳和秋耳要摘大留小，伏耳则大小一齐采收。采收方法有两种：一种是用手抓住耳的基部旋转摘下，注意不要拉断耳片，以免残片留在料表腐烂，另一种是用锋利的刀片齐袋壁削下。收耳后停水3～5天，以增加培养料的通气性，使菌丝复壮，抑制杂菌生长。
收下的黑木耳要去除耳根处的料，及时晒干或烘干，若遇晴天，2～3天即可晒干；如遇阴雨天，可用木制的烘箱（分数层，每层相距15厘米，上放铁丝筛子）烘干。烘箱下面放电炉，最下一层筛距电炉60厘米。烘箱上面有通气管，以排除湿空气。将鲜木耳置于铁丝筛上，烘24～36小时即成干品。干木耳用塑料袋包装后放在干燥处贮藏。
黑木耳是我国食用菌的一项大宗产品，但长期以来，在生产收购、调拨和出口上，没有一个较为科学的全国性标准，全凭感官检验，加之加工、包装各地各不相同，造成等级混乱，价格悬殊，有的甚至掺杂掺假，损害了消费者利益。为了改变这种状况，从1982年起商业部组织有关部门，通过调查、研究，起草了我国第一个黑木耳国家标准；并经国家标准局批准，从1986年8月1日起在全国实施，现摘录质量指标如下：
一级：耳面黑褐色，有光亮感，背面灰色。无拳耳、流耳、虫蛀耳和霉烂耳。朵片完整，直径超过2厘米，耳片厚度1毫米以上。含水量不超过14％，干湿比1:15以上。含杂质量不超过0.3％。
二级：耳面黑褐色，背面暗灰色。无拳耳、流耳、虫蛀耳和霉烂耳。朵片基本完整，直径超过1厘米，耳片厚度0.7毫米以上。含水量不超过14％，干湿比1:14以上。含杂质量不超过0.5％。
三级：耳的色泽为黑褐色至浅棕色。拳耳不超过1％，流耳不超过0.5％，无虫蛀耳和霉烂耳。朵形小或含碎片，但直径超过0.4厘米。含水量不超过14％，干湿比1:12以上。含杂质量不超过1％。
