利用害虫习性进行防治 （１）对菌蚊可用人工捕捉；（２）将发生瘿蚊的菌袋放在阳光下曝晒１－２小时或撒上石灰粉，可有效杀灭瘿蚊。
诱杀 （１）蚊蛾可用黑光灯或节能灯诱杀，方法是在灯下的水盆中放入０．１％的敌敌畏，害虫落入盆中即被杀死；（２）在强灯光处放置涂有４０％聚丙烯的粘虫板可诱杀粘虫。
曲霉的防治 （１）及时清除废料；（２）瓶装料时料不能与棉塞相接触，装瓶完毕后洗净瓶口，除去杂物，保持棉塞清洁；（３）食用菌采收完后施用５ｐｐｍ的多菌灵。
绿霉的防治 （１）降低菇房的温度和湿度，加大通风量，用草木灰覆压有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飞扬传播；（２）取生石灰９份、多菌灵１份、水适量拌匀，涂刷霉菌处；（３）生料栽培时，每１００公斤干料中添加克霉灵１００克，可彻底防止霉菌滋生；（４）在霉菌处撒上高锰酸钾颗粒后，再在其外围喷水；（５）用５％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排掉石灰水，补上新料；（６）在霉菌处涂９５％的酒精或煤油，点火将其烧掉，然后挖除，填补新料。
细菌的防治 （１）培养基灭菌要彻底，灭菌时温度、压力、时间都要达到要求；（２）培养基做好后，在３０℃的培养箱内放置一天后再用，以确保无细菌感染培养基；（３）培养基内可加入抗生素，一般以每毫升１００－２００单位为宜。（金雪依）
