（1）培育和选用优良菌种 优良菌种：一是种性要好种，具有高产、优质、抗逆性（含抗病虫）强的特性；二是纯度要高，无病虫感染。最根本的还是培育抗病抗虫能力强的新品种和新菌株；三是菌龄适宜。老化的菌种，不但生活力差，而且污染的机率多。选用菌种时，如果忽视了后两点，往往是造成制种期或发菌期受病虫感染严重的主要原因之一。如草菇的菌丝纤细，不浓密，生长快，但容易老化、自溶。如果瓶内菌丝萎缩，或部分菌丝出现自溶现象，或菌龄超过30天以上的，则是老化菌种。播种老化菌种后，不仅菌丝恢复慢，长势差，产量低，而且易受病虫感染。所以菌龄应选用20天左右的为最好。香菇菌种适宜的菌龄是以菌丝长满瓶后即使用为好，一般在45～50天，用这种菌种，接种后菌丝萌发快，生活力强，污染率低。
（2）调节好适宜的酸碱度 食用菌对pH的要求，除草菇喜碱性外，大多喜偏酸或中性的环境。而大多数病原菌喜中性或偏碱性的环境。因此，在制作菌种时，可添加适量的过磷酸钙，将培养基调酸一点，既可抑制病菌的发生，又可为食用菌提供一定的磷素。在菇床上如发现一些喜碱条件的病菌，，如白色石膏霉、褐色石膏霉，可将过磷酸直接撒在发病料面上。
草菇播种后，培养料有由碱变酸的趋势，根据草菇喜欢碱性环境的特性，可结合喷水和在每潮菇采收之后，用pH9的石灰水喷洒，以满足草菇生长对pH的需要，同时又可抑制与草菇争夺养分、。水分的鬼伞类的发生。因为鬼伞类喜欢酸性环境，在中性或微碱性环境则生长不良。一些在中性或微碱性环境液也能生长良好的菇类如蘑菇、平菇，栽培时所用的原料（稻草、棉籽壳等）可用1％～2％石灰水调配，采菇后也可用石灰水（上清液）喷洒。
（3）加强栽培管理，提高食用菌抗病抗虫能力 发菌期管理要以能促进食用菌菌丝生长又能抑制病菌发生为目的。采取的措施主要是：
①适当降温培养 大多数病菌是喜高温的，食用菌除草菇外，要求的温度较低。因此，接种后培养温度应控制在25℃以下。适当降温培养，虽然菌丝生长速度较慢，但粗壮有力，而病菌明显减少。
②降湿培养 食用菌在菌丝体生长期要求的空气相对湿度也比较低，因此，在发菌期空气相对湿度应保持在60％左右，可以有效得抑制病菌的发生。
③及时翻堆检查 接种7天后进行一次翻堆检查，发现受病菌侵染的，程度轻的菌袋可用75％酒精或1：3甲醛溶液注射患处；感染严重的，应用比原菌袋大一点的袋子套上扎紧，重新灭菌、接种。切忌将污染的菌筒脱袋晒干再用，让病菌孢子四处飞扬，造成严重的重复感染。
出菇期管理要注意科学用水，不清洁的水是会传播病菌的媒介。因此，菇房的水分管理，一是要保证用水清洁，在难以保证的情况下，可用150毫克/升漂白粉溶液喷洒。二是喷水要促控结合，该多则多，该少则少。覆土后前期要轻喷、勤喷，待快出菇时才重喷出菇水。到出菇期，菇多时多喷，菇少时少喷。
菇床喷水之后要结合通风。大多数病菌喜高温高湿，菇床一旦出现病害，应停止喷水，加大通风量。
此外，应调节好菇房适宜的光、温、水、气等生态条件，使食用菌菌丝生长健壮，增强生活力和提高抗逆性，能以旺盛的长势，抑制病菌的发生和蔓延。
