双孢蘑菇加工技术主要有保鲜加工，速冻加工，罐藏加工，盐渍加工和干制加工等。主要产品有保鲜菇、速冻菇、罐头菇、盐水菇和干（片）菇。此外还有调味蘑菇、蘑菇酱油、蘑菇调味品、蘑菇浓缩液、蘑菇饮料、蘑菇蜜饯及蘑菇（多糖）保健品、蘑菇美容品等多种产品。现介绍几种主要技术。
保鲜加工蘑菇保鲜加工研究始于本世纪初，采用了冷藏、辐射、气调、药物等多种方法，在理论上进行多方探讨。结果表明保鲜和蘑菇的呼吸、酶促反应、细菌污染等因子有关。通过控制鲜菇所处的环境条件来抑制新陈代谢和腐败性微生物的活动，使之在一定的时间内保持产品的鲜度、颜色与风味不变，但未获实用技术。1994年以来，福建省轻工业研究所蘑菇站科技人员在多年研究的基础上，承担了省九五科技攻关和国家八五科技攻关计划“蘑菇保鲜”项目，将生物技术与系统工程方法相结合，在国际上首次建立起综合性的保鲜技术，包括选育保鲜专用菌株，采前生物技术处理，采后预冷、低温除湿、物理抑酶、物理消毒和气调冷藏等技术与方法，使蘑菇保鲜的时间与效果有了突破性的进展，解决了双孢蘑菇易褐变、开伞、腐败等难题，保鲜期达10-20天，质量符合国家食品安全卫生标准，
产品已试销国内外，经专家鉴定达国际先进水平。此项成果的产业化将为我国蘑菇产品结构调整，提高产品在国际市场的竞争力作出贡献。
罐藏加工我国蘑菇产品绝大部分均加工成罐头，并以外销为主。
制罐是将蘑菇密封在容器里经一定的高温处理，杀灭可引起罐头蘑菇腐败和产毒致病的微生物；另一方面要尽可能保证蘑菇的形态、色泽、营养、风味、质地不受损失，因此掌握好灭菌温度和时间十分关键。制罐工艺包括罐头包装物准备，原料处理，装罐，排气，封口，杀菌和冷却几个环节。具体可参照福建省蘑菇菌种及蘑菇罐头标准综合体(fdbt/qb33.1-33.9-90)进行加工。
盐渍加工把新鲜蘑菇预煮冷却后放入高浓度的食盐溶液中，食盐产生的高渗透压使菇组织中含有的水分和可溶性物质从细胞中渗出，盐水渗入，菇体含盐量逐渐与食盐溶液平衡，同时也使菇体内外的微生物因高盐浓度处于生理干燥状态而停止生长发育，起到防腐作用。蘑菇盐渍加工分为一次盐渍法和二次盐渍法。盐渍用食盐溶液浓度为20-22玻美度(100kg清水加40kg食盐,加热溶解即成)。
一次法，用75kg食盐溶液加125kg预煮冷却的蘑菇，加标准盐封面，每天测盐水浓度， 上下翻动一次。若盐水浓度下降，添加食盐至20-22波美度。96-144小时后,盐水浓度稳定在18波美度时,可进行分级包装。
二次法是把一次法盐渍48 小时得到的半成品再倒入缸中，加入22波美度食盐溶液盐渍48小时。待盐水浓度稳定在18波美度时进行分级包装。包装要按外贸部门要求的标准，多选用清洁卫生、封口严密的塑料桶，盐水浓度保持18波美度，盐水要清，色泽黄亮而无杂质。包装时， 先在桶内加入3kg添加了0.2%柠檬酸的20-22波美度的盐水,按蘑菇等级分别分级、称重、装桶，再加上述盐水加盖封严，可长期保藏或长途运销。
速冻加工将经预处理的蘑菇在－30～－35℃或更低的温度下速冻后用塑料容器进行包装,或包装后再进行速冻，然后存放于－18℃温度下冷藏， 以抑制微生物的生长、发育，防止腐败，达到长期保藏的目的。速冻加工工艺包括，原料选择，切柄，清洗，护色，热烫，冷却，分级，挑选修整，包装，速冻和冷藏几个环节。
