在黑木耳栽培的实践过程中，导致黑木耳减产或绝收的三大病害有“红眼病”“绿藻病”“流耳”。这三大病害发生期都在开口期至中耳期、成耳期发生。这几种病害大都是栽培者技术不到位管理不规范所致。目前对于几种病害防重于治。还没有能根治的良药。
红眼病，症状：开口或打眼后5—10天左右，发现开口打眼处有红褐色的粘液，自口溢出，有绿霉同时出现，大面积滋生。发病原因：①培养室内培养架设计不合理，间隔层太小，摆袋拥挤或上摞或通风有死角。袋与袋之间产生热量得不到散发，致使菌袋内外出现温差过大，袋内集聚大量的蒸汽水，使菌丝不透气而死亡。还可能出现袋内顶部菌丝因高温死亡出现袋口吐红水。②有的打口后的菌袋归堆，堆积过紧。还有的堆回培养室。因为菌袋打眼后，透气好，菌丝发育旺盛，菌丝体要释放出大量的热量，稍不注意就容易造成高温烧菌，菌丝体死亡，细胞组织破裂，营养泌出成为红水。
绿藻病，症状：菌袋内表层有绿色的像青苔状，严重时木耳子实体都生长。吸收菌袋营养，造成袋内积水严重导致烂袋现象发生。发病原因：①水源有污染，死水泡、鱼塘、水源有藻类滋生。②装袋过松，开口在褶皱处，浇水时长时间有积水，通过阳光直射产生绿藻。③浇水过重，导致袋内积水。绿藻病发生后，因为有袋皮包裹几乎无药可治。
流耳，症状：黑木耳中耳期、成耳期腐烂脱落。发病原因：①菌种老化，选择优良抗逆性强的菌种。②培养料配比不当，麦麸、米糠等辅料添加过多，营养过盛，菌丝体老化快，子实体没长成，菌丝体开始老化收缩，造成流耳。③高温多雨浇水过重，袋内含水量偏高，因袋内菌丝体长成后，在酶的分解过程中营养物质的转化，菌丝体的含水量不断增高，袋内菌丝没有充分干燥，导致菌丝透气不良，遇到高温时很容易使菌丝因缺氧而窒息死亡，出现烂耳。④通风不良、水源不清洁。地势过洼，排水不畅。袋与袋之间过密，通风不良。水源污染造成子实体感染病变。⑤采收不及时，当耳片八分熟及时采收晾晒。
在黑木耳栽培过程中一定要做到合理管控，真所谓三分种七分管。一定要了解干长菌丝，湿长耳。干干湿湿，干湿交替。看天浇水，看耳定量的含义。做到以防为主，来提高黑木耳产量与质量。
