袋料香菇在完成灭菌接种后，后期管理也是栽培成败的关键环节，接种后要进行发菌、转色脱袋、出菇管理、采收几个环节：
一、发菌
接种完的菌袋摞在一起，接种口两两对接，而且接种孔须向两旁，不要相互挤压，以利发菌，可摞1米高，留出人行道。袋堆上覆盖农膜，挡光又保温。菌丝生长阶段，反季香菇棚温保持5-15℃，用低温培养菌丝，不宜超过20℃，否则杂菌大量发生，秋冬菇棚温控制在20-25℃。棚内不可洒水与喷水，保持干燥，空气相对湿度保持70%左右，避光培养，室内保持定期通风。当菌丝蔓延生长至直径7cm左右时，要及时翻堆检查换气，并第一次扎孔增氧，每袋扎孔10-15孔，改为"三井字形"叠放。第二次在菌长满时，扎20-25孔，第三次在第二次扎孔后1个月时，扎25-30孔。在翻堆扎孔时，及时挑去污染袋，随着气温的升高，及时调整疏散，有利于通风，促使菌丝健壮生长。
二、转色脱袋
40-45天菌丝长满袋，并开始转色，由白色转为黄褐色，整个菌块变为一体，转色期10-15天。转色适宜温度是20-24℃，低于15℃，高于25℃，菌皮难形成，空气相对湿度在85%左右，同时需要散射光和新鲜空气。在转色过程中，菌袋有吐黄水现象，要及时排放，以防烂袋，保证转色均匀，以保出菇好，产量高。转色阶段温度不能超过30℃，空气相对湿度在60-80%。可采取地面喷水降温，以利转色均匀一致。在室外越夏，要搭建遮阳棚，用遮光率在90%以上的遮阳网。在越夏管理中，注意防虫，防杂菌，若有菇蝇、蚊危害，用菇虫净喷雾，在地面洒生石灰，防止杂菌滋生，越夏中尽量少动菌袋和运输。待完全转色后脱袋出菇。
