1、袋料面出现白色絮状气生菌丝
原因①菌袋含水量偏低，保湿发菌阶段空气温度不足。②搔菌后，催蕾室内二氧化碳浓度偏高，通风不足，延长了营养生长向生殖生长转化的时间。
措施①调整培养基含水量。②增加保湿发菌阶段空气相对湿度，防止气生菌丝生长过旺，形成菌膜。做好催蕾阶段室内保温与通风工作。
2、搔菌3天后，不见料面恢复
原因催蕾室小环境的空气过于流通，菌袋料面覆盖物未盖严。
措施集中处理，用冷开水连续2天内轻喷2-3次，使料面湿润，喷水10分钟后再覆盖，保持覆盖物与料面之间有较高的相对湿度。
3、菌袋料面呈黑色潮湿状
原因①直接将生水喷洒于料面。②薄膜水时间覆盖料面，引起膜上冷凝水回滴，导致菌丝萎缩，料面变黑。
措施用灭过菌的小刀挖去发黑部分培养料，重新保湿发菌。
4、菇蕾变色枯死
原因在诱导出菇阶段所分泌的小水珠未能及时风干，使菇蕾原基被分泌的水珠淹没，窒息而死。
措施待料面出现细小水珠时，逐渐加大室内通风，使室内的小水珠风干，水珠颜色呈淡黄色，清亮为正常，若呈茶褐色或混浊时，视为已被细菌感染。
5、原基密，有效菇稀
原因主要是金针菇发育不同步所致，因为抑制开伞，片面提高二氧化碳浓度，过早地将菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或过早进行套袋，使大部分菇蕾因得不到足够的氧气供应而窒息。
措施应根据不同季节，不同栽培环境，采取不同通风量的办法来解决。在抑制阶段要加大室内通风，让长得高的菇蕾发白。春夏秋冬，雨天要加大室内空气循环量，相对湿度保持80-85％，宜采用竖直往复式升降扇，确保栽培架每一层空气均能充分流动。
