食用菌菌丝繁殖快、易变异，菌种保藏难度较大。现介绍几种效果很好且简单易行的菌种保藏法：
1.液体石蜡保藏法：选用化学液体石蜡，高压灭菌后放入40℃的恒温箱中数小时或干燥器中数日，用无菌吸管或注射器吸取液体石蜡，注入菌种试管。注入量应高出斜面尖端1厘米左右，塞上棉塞，用蜡封好，直立保藏在低温处，可保藏5年。
2.麸皮保藏法：称取一定量的麸皮加水或营养液后拌匀。将水、麸皮装入试管，高压灭菌后接入菌种，放在适温下培养。菌丝体发育好后，将试管放入干燥室进行干燥。干燥后放在20℃以下的干燥处保藏，可保藏3～5年。
3.生理盐水保藏法：将菌种接入马铃薯培养液中，每250毫升三角瓶装60毫升培养液，振荡培养或每天摇动5～10次，培养5～7天。然后将形成的菌丝球移入装有5毫升无菌生理盐水的试管中，每管移入4～5个菌丝球，塞上棉塞，用蜡封好管口，置低温下可保藏1年。
4.麦粒保藏法：取优质小麦，淘洗后浸入20℃水中泡5小时，稍加晾干后装入试管，装入量以管长的1/4到1/3为宜。灭菌后趁热摇散，冷却后接入菌丝体，适温培养至大多数麦粒上出现稀疏菌丝时终止。置于25℃以下干燥处可保藏1～2年。
