香菇常见病虫害包括杂菌害、虫害、病害三类。是香菇生产中的大敌，直接影响制种与栽培的成效。因此，坚持“以预防为主，防治结合”方针，一旦发现病虫害，就要认真分析原因，及早采取防治措施，彻底消灭或抑制其蔓延。确需化学药品防治时，要在未出菇或采完菇后进行，切忌不可直接喷洒于菇体上，以免残毒影响人体健康。
一、常见杂菌防治
1.绿色木霉：
木霉属，是香菇生产中最常见危害最大的一种竞争性杂菌。绿霉菌丝生长浓密，初为白色，逐步产生绿色孢子，菌落中央为深绿色，会使培养基全部变成墨绿色。
绿霉适于在15-30℃温度和偏酸性环境中生长。绿霉菌与香菇菌丝争夺养分。严重的使培养基全部变为绿色，发臭发软，导致烂棒。
防治方法：清除杂菌源，长期保持通风，净化环境;菇棚保持干燥;培养基含水量适当偏干;适时接种;使用甲醛等酸性药物时间不宜过长过多，以免造成酸性环境;接种时严格按无菌操作;堆袋防止高温;脱袋出菇期防止喷水过量，注意菇棚通风。
一旦发现，如是菌种则要立即淘汰，如是菌棒则用2%甲醛和5%碳酸混合液或1—2%来苏水，0.1%甲基托布津，0.1—0.2%代森锌等药剂注射受害部位。如脱袋后发现则要用0.2%多菌灵溶液涂抹患部及四周，第二天再用5%石灰水涂患处。如1/3以上被侵害时，用刀切除侵染部分，切口用500倍波尔多液涂抹或浸泡消毒。
2.链孢霉： 俗称红色面包霉，是最常见的一种杂菌，初为白色、粉粒状后为绒毛状，由淡黄色转为桔红色。
链孢霉是土壤微生物，25—30℃时遇湿度萌发，蔓延迅速，是接种和发菌期主要有害菌，传播力极强。
防治方法：严格控制污染源。原材料要选择新鲜的木屑、麦麸等;塑料袋要挑除微孔袋;清除四周垃圾;配料时加入50%多菌灵，按0.1—0.2%掺入拌匀;培养基灭菌要彻底，接种用酒精拌多菌灵擦袋消毒;发菌场所要干燥清洁;脱袋出菇期防止喷水过量，注意通风。
一旦发现如是菌种污染，立即淘汰;如是菌棒发生时疏袋散热撒石灰粉;同时用柴油涂抹患处，切忌乱扔乱放污染空间。
二、常见虫害防治
1.跳虫： 进入五月高温高湿季节后，出菇最大的害虫是跳虫直接影响出口。跳虫黑灰色，发生于25℃以上高温和85%以上湿度环境下，不易清除，防治措施是：降低棚温，减少湿度(菌棒筒内含水量40%左右为宜);地面放80%敌敌畏1000倍液掺入数滴蜂蜜诱杀;50%辛硫磷稀释成500倍液喷雾毒杀;0.1%鱼藤精或200倍液除虫菊脂溶液喷杀(敌杀死也可);地面墙面撒石灰粉;棚内杂草枝条部分喷药除杀。
2.线虫：危害香菇的线虫主要是小杆线虫，呈粉红色，似蚯蚓，体长1毫米左右，主要从培养料和水源带入。
防治方法：培养基灭菌要彻底，水源要干净，喷水不宜过湿，常通风，发生线虫时，用5%石灰水或1%食盐水喷洒几次，同时往地面上撒石灰粉消毒。
三、常见病害防治
1.畸形菇：大脚菇—菌柄粗而短，菌盖肥厚，原因主要是高温品种制棒较迟，出菇时遇低温影响而形成，防治措施主要是选用的品种要符合对温度的要求，合理安排生产季节。空心柄菇—菌柄空心柔软，菌盖小，出菇密而成丛，原因菌筒失水严重，空气湿度偏低，气温偏高而导致幼菇脱水空心。防治措施主要是每采完一潮菇后及时补水处理，以搬动惊蕾补充水分。螺盖菇—菇盖如田螺大小，原因是高温品种生理尚未成熟而又在低温条件下催蕾出菇;低温品种生理尚未成熟又在高温条件下催蕾出菇;培养料中氮源过多。防治措施主要是对症处理，找出致病原因，安排好出菇期，出现的螺盖菇要及时除掉以保养分，待温度适宜时再出菇。
2.萎烂菇：在菇蕾期出现萎烂现象，主要因菇棚湿度过大，杂菌侵入造成烂菇，有的属病毒性为害使菌丝退化，造成子实体腐烂，二氧化碳含量过高等。防治方法：调节温度，不受高温侵害;控制湿度，菇棚相对湿度保持90%左右，菌棒含水量60%左右;经常检查，除根，局部涂石灰水或新洁尔灭。
