有机香菇的病虫害防治必须使用使用化学药物，应选择国家允许的农药，严格按照国家规定的安全用药标准施用。有机香菇病虫害的防治应着重采用生物和物理的防治方法，改善栽培条件、满足香菇生长、发育各个环节对外部环境条件的要求，使菌袋每个阶段都处于旺盛生长态势，让病害无法侵染。选择新鲜优质的原辅材料、优质菌种、保证灭菌彻底、接种刺孔操作规范、选择适宜的栽培季节，就能极大限度地抑制病虫害的发生、发展和漫延，就可不用农药。
有机香菇常见的虫害有螨类、线虫、跳虫、蛞蝓、菇蚊、菇蝇等，这些害虫的特点是繁殖快，危害严重咬食菌丝或子实体，造成子实体死亡或丧失商品价值。下面简单介绍其防治措施。
1.螨类:螨类有粉螨和蒲螨二种，俗称菌虱，体积小繁殖快，肉眼不易发现，常潜伏在接种穴周围。蚕食菌丝，使菌丝不萌发而萎缩。
防治:局部发生用25%敌敌畏50倍滴注，室内也喷一遍，以彻底消除。如菌袋发现大量螨类时，可用20%杀螨醇，500倍浓浸泡5—8小时，辅以室内消毒。
2.线虫:粉红色线状蠕虫，主要危害子实体，并带进细菌，造成子实体腐烂，致使小菇逐渐萎缩而死亡。
防治:注意环境清洁卫生，清除垃圾。用1%生石灰与1%食盐水泡菌袋12小时。
3.跳虫:叫香灰虫、烟灰虫，幼虫白色，成虫灰兰色，喜跳善跃,动作极快。繁殖迅速,危害菌丝，发病后子实体，尤其是菇蕾枯萎而死。
防治：注意环境卫生。发现后，用敌杀死或速灭杀丁防治。
4.蛞蝓：又叫粘粘虫，形似剥去外壳的蜗牛，大小不等，长短不一，统体柔软，爬过的地方留有粘液的痕迹。主要危害子实体。
防治：注意环境卫生，清除周围的枯枝烂叶，保质干燥、干净。在蛞蝓活动地方撒一些生石灰粉或白碱。人工扑杀。
5.菇蚊、菇蝇：体积小繁殖快，幼虫喜潮湿，有趋光性，喜群居。
防治：注意环境卫生，加强通风，保持场地干燥。灯火诱杀。喷洒1000倍敌百虫或敌杀死溶液杀灭。
