培养料配方：新鲜无霉变的棉子壳是生产有机金针菇的理想原料。一般可采用棉子壳90％、玉米粉3％、麦麸5％、石膏粉1％和糖1％，或棉子壳93％、麦麸5％、石膏粉1％和糖1％，或棉子壳87％、麦麸10％、石膏粉1％、糖1％、碳酸1％和钙1％的配方。
栽培种配制：菌种可选用金针菇81号、金杂19号等。将培养料加水（培养料的1．3倍左右）拌匀后装入17厘米×33厘米的聚丙烯塑料袋中，每袋约装培养料0．4公斤，套上塑料颈圈，并用棉塞封口，于100℃温度中常压灭菌8～10小时，或每平方厘米1．5公斤压力下灭菌2小时。灭菌后移入接种室，待培养料温度降至30℃时，进行无菌操作接种，再将接好种的菌袋移入培养室内。在20℃～30℃的干燥环境中培养，30～40天菌丝即长满菌袋。
菌袋覆土栽培：种发好菌后，除去棉塞和塑料颈圈，用剪刀剪去菌袋底部塑料（5～8厘米高），使底部菌丝裸露。将菇房用石灰水灭菌，然后铺一层5～10厘米厚的细土，使裸露部分全部埋于土中，菌袋排列长度不限，宽度以7～8袋为宜。
出菇管理：除去接入的少量原种，拉直菌袋口，盖一层报纸，并向菇床（菌袋）上喷施稀土溶液，以促进菌丝生长，提高金针菇的产量和品质。一般情况下，每3天用稀土溶液喷1次，每次每平方米菇床喷施0．5升。同时每天喷1～2次清水保持菌袋底部土壤湿润，并加强通风。室内温度控制在7℃～15℃，3～7天即可现蕾。一般可出菇3～4茬，当菇体长到符合标准时即可采收。生产实践表明，稀土溶液的浓度以每升含稀土0．2克效果最好，使用后菌丝生长整齐、粗壮，生物学效率可达88．3％，金针菇的蛋白质含量高达30．3％。但是，如浓度大于每升溶液含稀土0．2毫克，对金针菇生长反而不利。由于菌袋底部埋在细土中，水分可源源不断地从袋底部进入袋内，只要定期向土中补充水分，即可满足菌丝对水分的需求。金针菇覆土栽培可比常规法栽培多出菇1～2茬，增产25％左右。
